土壤微生物对于营养的转化和植物所需矿物质的提供都具有重要意义，土壤微生物的两大类群真菌和细菌，在分解过程中起着至关重要的作用。人类活动造成的营养物质的输入和土壤管理方式的不同都会直接或间接地影响细菌和真菌的群落组成，从而影响土壤生态功能。　　 本研究在美国阿拉巴马州Cullars轮作长期施肥实验样地进行，消除了其他因子干扰的100年后，利用13C标记的乙酸插入土壤微生物磷脂脂肪酸技术和氚标记胸腺嘧啶插入DNA技术，研究土壤施石灰和施氮肥处理对土壤微生物群落的影响。　　 本研究主要结论如下:　　 1.氚标记胸腺嘧啶插入DNA预实验结果表明，最合适的插入时间是2小时，最合适的细菌溶液土水比为1∶5，最合适的初始胸腺嘧啶浓度是200 nM，重新合成途径效应[x]为0.202 nmol。　　 2.施石灰处理可以提高土壤pH值约1.0，而施氮肥处理会降低土壤pH值约0.3。施石灰和氮肥均利于作物生长，可显著提高土壤含水量和土壤总有机碳。对于作物产量，同时施石灰和氮肥处理最利于作物生长，施石灰比施氮肥对提高作物产量更为重要。　　 3.施石灰有利于提高土壤线虫密度和增大土壤线虫的多度指数，提高食细菌线虫、食真菌线虫和捕食、杂食线虫比例。施石灰能提高土壤细菌的生长速率高达10倍以上，大大减少世代周转时间。　　 4.施石灰和施氮肥处理的土壤微生物更容易同化乙酸，插入到中性脂肪酸和糖脂脂肪酸的13C含量较多。主成分分析结果表明，施石灰处理可以改变土壤微生物的革兰氏阴性细菌组成，从而引起了一系列指标的不同;施氮肥处理可以改变土壤微生物的革兰氏阳性细菌组成。施石灰和施氮肥处理中，16∶0、18∶0、18∶1w9、18∶1w7、18∶2w6这几种脂肪酸同化乙酸最为活跃，16∶0、18∶0直链饱和脂肪酸类群、18∶1w9革兰氏阳性细菌类群、18∶1w7革兰氏阴性细菌类群和18∶2w6真菌类群的不同是通过施石灰效应导致并引起不同处理存在不同生态功能的根本原因。除此以外，i15∶0、16∶1w5、16∶1w9、i16∶0、17∶0、cy17∶0分别代表的革兰氏阳性细菌类群、真菌类群、革兰氏阴性细菌类群、革兰氏阳性细菌类群、非特异性类群和革兰氏阴性细菌类群也起到了相当重要的作用。　　 5.用乙酸为底物培养土壤24h后，13C进入中性脂肪酸、糖脂脂肪酸和磷脂脂肪酸的效率分别为0.56％、0.13％和1.13％。　　 6.施石灰提高土壤pH值这种传统的农业管理措施无论对作物产量还是对土壤生态功能都十分有利，施氮肥次之，缺点是使土壤酸化，过量容易引起土壤和水质污染。