随着产学研合作的深化，产业技术创新战略联盟作为产学研合作的一种全新模式在全球范围内迅速崛起和发展。实践证明，产业技术创新战略联盟是促进产业发展，提升国家竞争力的有效途径，但产业技术创新战略联盟在我国尚处于探索阶段，在实际运行中，从组建到运行每一环节都存在诸多问题亟待解决。因此，如何建立有效的运行机制，保证联盟持续、稳定、健康的发展已成为当前现实而又迫切的问题。论文在研究过程中主要采用了文献法、案例分析法、理论分析法和系统动力学方法。首先，利用文献分析和理论性分析方法，对联盟存在的问题及影响因素进行了分析总结；其次，分析了系统动力学方法应用的可行性，确定了建模目的及系统边界，建立了产业技术创新战略联盟运行系统的系统动力学模型，并运用Vensim软件对模型中的参数进行赋值和定义，设定初始值，使模型表现出现实系统的变化趋势；然后，在验证模型有效的基础上，对模型进行了仿真模拟。通过对仿真结果的分析，得出产业技术创新战略联盟的运行机制应包括盟员的选择机制、信任机制、沟通机制、激励机制、资源共享机制、风险防范机制、人才流动机制、利益分配机制八个机制，并且在联盟生命周期的不同阶段机制的作用程度不同，应对不同阶段的相应机制进行着重管理。最后，根据以上研究结论，对联盟运行机制的构建及策略提出了一些建议。