以活品虾夷扇贝（Pationopecten yessoensis）供应链为研究对象，先后进行了活品供应链案例实地调查以及流通链模拟研究，重点跟踪分析了沿活品链的扇贝肠道菌群结构变化规律；同时，还对虾夷扇贝肠道菌群结构与生长环境（海水及沉积物）之间的关系进行了探索，为基于微生物的虾夷扇贝活品流通链卫生监控及产地溯源提供参考。首先，对活品底播虾夷扇贝的流通链做了全链实地调查，从原料生长、采捕、海上活品运输、陆基净化直至出库进行了系统全面地跟踪，了解了现有虾夷扇贝流通链运营模式，经过逐个环节分析找出其关键点及现存问题。最后，确定了采捕、海上活湿运输、靠岸中转及净化等为关键环节；此外，净化后的销售物流环节主要有湿运及干运两种模式。另外，针对现有销售终端的活品虾夷扇贝卫生情况进行了初步调查，对市售活品虾夷扇贝进行了细菌总数分析，结果表明，市售虾夷扇贝各个组织中细菌菌落总数浓度顺序为：肠道＞内脏＞性腺＞外套膜＞贝柱。其次，对活品流通链案例进行实地逐环节地跟踪取样，研究扇贝肠道菌群结构与其生长环境的关联，及其捕后沿流通链的变化规律。取样点包括采捕、海上活湿运输、陆基中转、净化I、净化II及市场终端；采取的样品为活品虾夷扇贝、生长环境之海水及沉积物。结果表明：①根据DGGE指纹图谱，海水、沉积物和肠道菌群分别获得了20、18和12个条带，其中有9个共有条带，扇贝肠道菌群结构与生长环境之间具有较强的相关性，这为底播虾夷扇贝以及其它海产品的原产地溯源提供新思路；②此外，流通链主要环节的DGGE图谱分析结果发现，在采捕、活湿运输、中转、净化I、净化II及市场等六个环节条带数分别为12、14、16、13、9、22个，由此表明捕后处置环节导致菌群数量增多，在随后的净化环节菌群数目明显下降；③戴斯系数分析表明，从采捕、海上活湿运输、陆基中转、净化I、净化II到市场终端，相邻环节的相似性分别是64%、73.3%、69.0%、63.6%、32.3%；④细菌总数分析结果表明，活品底播虾夷扇贝体内细菌总数在采捕、活湿运输、中转、净化Ⅰ和市场等流通环节的菌落总数对数值分别为3.40、5.22、5.43、4.54和5.53。在整个流通环节的变化程度不大，说明该虾夷扇贝活品链能够有效控制细菌总数；⑤在流通过程中，粪大肠菌群的累积速率大于大肠菌群的累积速率，在净化环节，粪大肠菌群的净化速率大于大肠菌群的净化速率，说明环境条件对活品贝类卫生状况影响极大。最后，通过案例调查的结果，建立了干湿两种模拟流通链，分别为4天模拟净化加3天模拟湿运，以及4天模拟净化加3天模拟干运。研究在模拟流通链下虾夷扇贝各组织（全贝、体腔液、肠道、内脏团、闭壳肌、性腺、裙边和鳃）的细菌总数、大肠菌群和弧菌总数变化。结果表明，①净化环节活品虾夷扇贝组织（内脏、性腺、肠道和鳃）细菌总数均出现明显的先上升后下降趋势，说明模拟流通的初期对贝类细菌总数有一定影响；②运输环节细菌组织（内脏、性腺、肠道和鳃）呈上升趋势，干运比湿运的含量高；③模拟流通虾夷扇贝主要组织大肠菌群呈现出下降的趋势，说明模拟净化对活品虾夷扇贝大肠菌群具有净化作用；④干运环节大肠菌群含量略高于湿运；⑤就弧菌而言，未净化的样品仅在性腺中检测出弧菌，其它组织部位未能检出，弧菌含量分别在净化第二天和运输第二天有上升迹象，说明弧菌生长受到环境变化的影响。