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目的：以肾阳虚证膝骨关节炎为样品研究肾阳虚证的差异基因表达谱，在前期研究的基础上进一步分析肾阳虚证的基因表达谱及分子通路，探讨肾阳虚证发病的微观分子机制。 方法：应用基因芯片技术，通过病证结合的方法，精选两组来自不同地区典型肾阳虚证膝骨关节炎病人和正常对照组各8例，作以下评定：①植物神经系数测定。②基因芯片实验：实验流程包括采血，提取RNA，逆转录为cDNA，用Cy3和Cy5两种荧光物质分别标记，制备成探针，在22000点的基因芯片上进行杂交，通过计算机扫描后，得到两张病人—正常对照组混合样品表达谱数据。 结果：①病例筛选结果：两组患者肾阳虚证因子定性定量积分相加均大于18分，为典型肾阳虚证；经骨科专家和x线检查系膝骨关节炎患者。②植物神经系数：两组患者与对照组比较均未达到统计学差异。③差异基因表达谱：芯片1得到75条差异表达基因，上调49条，下调26条；芯片2得到1302条差异表达基因，上调291条，下调1011条；两张芯片共同出现的差异表达基因有6条。两组差异表达基因生物学过程均以代谢基因所占的比例最大，分别占70％和63.06％，且集中在基础代谢和细胞代谢，其次为信号转导基因，还涉及到免疫反应等；通路查询以代谢通路和信号转导通路的基因最多，主要集中于MAPK信号通路和氧化磷酸化通路。 讨论：本实验结果显示肾阳虚证的差异基因表达谱主要集中于代谢类尤其是细胞代谢、信号转导和免疫类基因；特别是某些与代谢、免疫、信号转导相关的多生物学过程基因与肾阳虚证的关系值得进一步研究，提示这些基因的异常可能是肾阳虚证发病的微观分子基础；本文初步提出的主要有NCF1和DUSP1两条基因。有两条通路一条是信号转导通路MAPK信号通路，另一条是能量代谢通路氧化磷酸化与肾阳虚证的关系密切，两张芯片中参与这两条通路的差异表达基因在通路中的定位与肾阳虚证的关系有待进一步研究。