外商投资企业的设立、变更、终止等均需要经过审批机关的审批。由于外商投资企业的诸多事项均需要通过行政主管部门的审批，行政行为与民事行为交织在一起，使外商投资企业纠纷复杂化，审理难度加大。因此，首先要明确外资审批的性质、范围、外资审批的审查方式等基础理论问题，理清这些问题有助于解决外资审批制度带来的一系列实践难题——合同效力问题以及股东权益纠纷。合同效力问题涉及到未经审批的合同有效性及已经审批的合同有效性。以往的司法实践认为未经审批的合同为无效，已经审批的合同均为有效，这一观点随着《外商投资企业规定（一）》的出台彻底得到改正。该司法解释认为，未经审批的合同未生效，而已经审批的合同未必有效，厘清了外资审批对合同效力的影响。合同效力问题还与报批义务联系紧密，原因在于，只有履行报批义务才能促进合同生效。当事人怠于履行报批义务的，应强制其履行。从报批义务的性质来看，其为附随义务，根据诚信原则可约束当事人及时履行。因此合同未生效不影响当事人履行报批义务。外资审批引起的另一个实践难题是股东权益纠纷。股东权益纠纷的中心问题在于如何处理审批对民事权利义务关系的影响，笔者从实际投资者和股权转让合同中的受让方两个角度来展开对股东权益纠纷的论述。实际投资者为例，实际投资者投资极其容易产生纠纷。特别是在外商投资企业经营效益好的情况下，实际投资者与外商投资企业的名义股东之间容易就外商投资企业的股权归属产生争议，或者是由于外商投资企业的名义股东没有保障实际投资人利益的实现，导致双方产生股权争议。笔者从实际投资者与名义股东之间的权益分配和实际投资者与外商投资企业之间的利益分配两个角度来分析我国法律法规对实际投资者权益保护的立场和观点。在实际投资者愿意持有外商投资企业股权的情况下，应该设定条件、标准来判定实际投资者的股东身份，并且在符合这些设定的条件、标准的情况下，给予实际投资者“显名”的机会，并且要求报批义务人履行报批义务。笔者认为，目前我国法律对实际投资者的权益保护仍有不足，可借鉴不当得利请求权的理论来完善实际投资者的权益保护。