1999年以来是我们国家高等教育大发展时期，也是各个地区高等教育实现大众化的主要机遇期。目前，我国区域高等教育是精英教育、大众化教育与普及化教育共存时期；各个地区扩招的任务主要是由原有的高等学校承担；本科教育承担了高等教育大众化的主要任务，专科在校生比例偏低，难以适应目前产业结构的需要；全国扩招幅度较大的类型学校是综合性大学和艺术院校，扩招幅度较小的类型学校是医药院校、语文院校和体育院校，与目前我国的经济结构不尽相符；民办高等教育的发展整体水平不高，且地区差异较大；成人高等教育的发达程度相对普通高等教育而言减弱的幅度甚大，说明我们国家高等教育的发展存在着重视普通高等教育而忽视成人高等教育的现象；各个区域都在追求建立完善的区域高等教育体系，而导致雷同现象凸显，特色淡化。这些均不利于我们国家高等教育体系的建立。 区域高等教育的形成是政治、经济、行政区划、区位、制度、历史、人口、信息和文化等因素共同作用的结果。由于不同的地区以及不同的发展阶段，每个因素的作用是不同的，从而造成区域高等教育发展存在差异。1999年扩招以来，区域高等教育发展差异不但没有缩小反而加大，2006年，高等教育毛入学率最高的上海在59％左右，而最低的贵州只有11％；与社会发展比较而言，高等教育发达、极发达和发展不足地区共有20个，是持平地区的2倍，目前是发达和极发达地区略多，而发展不足地区过多；高等教育与经济发展高度协调的地区有7个，基本协调发展的地区有8个，基本不协调的地区有5个，不协调发展的地区有9个，2个地区处于高度不协调状态。由此表明，高等教育区域发展差异是客观存在的，是长期的。差异发展是区域高等教育发展的一个基本形态。 因区域高等教育存在增益与损益现象，故区域经济发达未必是发达的区域高等教育作用的结果，区域经济不发达也未必是区域高等教育落后所致。反过来，发达的高等教育也未必是发达的区域经济使然，区域高等教育不发达未必是落后的区域经济所为。由此决定了区域高等教育应加强分工与合作，不应完全本着建立完善的高等教育体系的思想建设区域高等教育；区域高等教育因存在差异而具备分工的基础。高等教育区域分工是规避区域高等教育之间不合理竞争而产生内耗的有效途径，是提高区域高等教育效益的得力措施，是消除区域高等教育发展差异的一条捷径，是我国区域高等教育发展的一种潜在趋势；差异发展是区域高等教育发展的动力，差异发展有利于提高区域高等教育发展效率，较大限度地优化高等教育结构、提高高等教育质量，有利于形成高等教育发展特色；区域发展的过渡差异将导致高等教育的不公平，必然带来不良的社会后果，甚至影响社会的稳定；对高等教育的差异发展应实施必要的控制，在差异不足的情况下实施扩大差异的发展战略，促进高等教育的快速发展。在差异过大的情况下，实施平衡发展战略，尽量减小差异所带来的负面影响。