目的:本研究利用GEO数据库的高通量数据挖掘与甲状腺乳头状癌（Papillary thyroid carcinoma,PTC）相关的分子标志物,并且探索目的基因的作用方式及影响的生物学功能,旨在丰富甲状腺癌发生相关基因的研究,为甲状腺乳头状癌的研究及治疗提供新的思路。方法:1.从GEO数据库中下载PTC基因芯片GSE138398,筛出差异性表达基因。然后对于差异基因进行GO和KEGG分析。利用STTING数据库构建PPI蛋白质互作关系网络图,预测下游靶标蛋白。将STRING数据库中预测的基因及下游蛋白导入到Cytoscape数据库,构建基因交互网络,标注上调及下调基因。利用MOCODE插件得出交互网络里最关键的基因模块。利用Cytohubba插件来获得PPI网络中连接度最高的前10个hub基因。随后在在线韦恩图绘制网站获取与MOCODE插件得来的关键基因模块及Cytohubba得出来的前10位hub基因的交集,得出存在于两个数据集的交互基因。2.利用UALCAN数据分析平台中的TCGA数据库找到韦恩图中的交互基因对应的哪些临床表型。基于前面层层的筛选结果,之后又通过阅读大量文献确定出CDH2为最具有研究价值的基因。3.收集我院2021年6月1日至2022年3月1日在我院本科室住院并进行手术的治疗的17例甲状腺乳头状癌患者的临床资料及癌组织和癌旁组织标本纳入研究,病人的诊断结果以术后大病理为标准。收集的临床资料包括:病人的姓别、年龄、TNM分期、确诊方式、手术方式、淋巴结转移情况等病理学特征。收集的标本为:甲状腺乳头状癌的癌组织和距肿瘤边缘1cm的癌旁组织。4.对收集样本中的癌组织和癌旁组织样本进行qPCR验证,验证CDH2在癌组织和癌旁组织中的表达水平差异。同时也比较一下CDH2在PTC合并淋巴结转移组织与PTC未合并淋巴结转移组织之间的表达水平差异。5.对收集样本中癌组织和癌旁组织样本进行Western Blot实验,验证在癌组织和癌旁组织中钙粘蛋白的表达水平差异。同时也比较一下钙粘蛋白在PTC合并淋巴结转移组织与PTC未合并淋巴结转移组织之间的表达水平差异。结果:1.从基因芯片数据中最终得到差异表达基因441个。对于关键基因GO的分析结果表明,差异表达基因占比较高的本体分析包括:促进细胞成分代谢、趋化性、肌细胞的发育、细胞间的连接以及细胞黏附的调节等。而KEGG通路分析结果则显示差异表达基因主要富集在细胞外受体的相关性、细胞黏附、补体与凝血酶的级联反应、造血细胞系、癌症中的蛋白多糖、酪氨酸的代谢等方面。STRING数据库预测到了基因调控下游蛋白的互作网络。构建基因蛋白交互网络并利用MOCODE插件得到重要基因模块;利用Cytohubba软件得到degree值打分最高的前10位hub基因。将重要基因模块与h前10位hub基因制作韦恩图,得到交互基因4个,分别是:COL1A1、ITGB3、CCND1、CDH2。2.利用UNLCAN数据分析平台中的TCGA数据库进一步验证得到CDH2基因在PTC癌组织和癌旁组织的比较中呈高表达。并且CDH2基因在PTC合并淋巴转移与PTC未合并淋巴转移的比较中呈低表达。进而得出得出,CDH2与PTC的发生发展有关并且对应淋巴结转移的临床表型。3.整理病人信息,为后面的实验验证的基因表达与临床表型的结合打下基础。4.PCR实验结果显示,17个临床样本的CDH2基因在甲状腺癌组织中的表达量均显著高于癌旁组织。同时CDH2基因在PTC合并淋巴结转移的组织PTC中的表达水平显著低于PTC未合并淋巴结转移的组织。5.WB实验结果显示,17个临床样本的钙粘蛋白2在甲状腺癌组织中的表达量均显著高于癌旁组织。同时钙粘蛋白2在PTC合并淋巴结转移的组织PTC中的表达水平显著低于PTC未合并淋巴结转移的组织。结论:1.生信分析处理后得到打分值极高4个差异性表达基因:COL1A1、ITGB3、CCND1、CDH2,提示这些基因与甲状腺乳头状癌发生、发展密切相关。2.在UNLCAN数据库中CDH2在甲状腺乳头状癌组织中高表达得到进一步验证,并且初步得到CDH2基因在PTC合并淋巴转移与PTC未合并淋巴转移的比较中呈低表达这个结论。3.在PCR实验和WB实验中,CDH2在甲状腺乳头状癌组织中高表达,CDH2基因在PTC合并淋巴转移与PTC未合并淋巴转移的比较中呈低表达得到了进一步验证。