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以7份辣椒(CapsicumannuumL.)种质为材料，使用SDS法、CTAB法和高盐低pH法对其叶片基因组DNA提取方法进行了筛选。以原产地为湖南、四川、江西、海南、广东、吉林等省份的52份辣椒地方资源为材料，在建立高效快速的ISSR分析技术体系的基础上，对其进行ISSR分析，以评价我国辣椒地方资源的遗传多样性，分析其亲缘关系，为应用地方品种资源的杂种优势提供依据。主要试验结果如下：
1.使用SDS法、CTAB法和高盐低pH法对辣椒(CapsicumannuumL.)叶片基因组DNA进行提取，经过检测，SDS法是辣椒基因组DNA提取的最佳方法。
2.经过优化，确定PCR反应采用20μL体系，其中模板2μL；10×Buffer3μL；引物1.5μL；10mMdNTP0.15μL；taqE酶0.75μL；补ddH2O至20μL。PCR反应程序为：95℃预变性5min，95℃变性30s，50℃退火30s，72℃延伸2min30s，进行40个循环，最后72℃延伸7min，4℃保存。
3.从60条ISSR引物中筛选了效果好的11条引物。
4.在52个供试材料中，11个ISSR引物共扩增出98条带，其中多态性条带数为89条，多态性率90.8％，其中扩增条带最多的引物为UBC834，共扩增出16条；最少的为UBC844，仅有3条。
5.依据遗传相似系数进行聚类分析，在D=0.80时，所构建的树状聚类图将供试材料分为3大类，第一大类为长椒、簇生椒和圆锥椒；第二大类为灯笼椒和圆锥椒；第三大类为湛江野山椒和梅州朝天椒，这种分类基本符合传统的形态学分类方法。
6.在不考虑湛江野山椒和梅州朝天椒这两个材料的前提下，其余50个材料遗传相似系数在0.79～1之间，遗传基础相对比较窄，这可能和辣椒单一的起源中心有关。
7.湛江野山椒和梅州朝天椒与其它供试材料亲缘关系较远，遗传相似系数为0.34，达到了辣椒属种间的遗传距离，疑为野生种。