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食管癌是消化道系统的一种常见恶性肿瘤，但是目前对于食管癌的病因和发病机制尚不十分清楚。Ezrin是一种膜-细胞骨架连接蛋白，Fascin是一种细胞骨架捆绑蛋白(在此将二者统称为骨架结合相关蛋白)。研究表明：二者均在食管癌细胞中异常表达，并与肿瘤的发生发展、侵袭、转移过程密切相关，但确切的作用机制尚待深入研究。本论文选择Ezrin和Fascin作为靶标蛋白，建立了基于LC-MS技术的蛋白质组学研究方法。论文内容分3部分：
首先，介绍了LC-MS技术在蛋白质鉴定分析中的策略、方法和应用，并概述了骨架结合相关蛋白Ezrin和Fascin在食管癌的研究中的生物学意义。
其次，建立了食管癌细胞骨架连接蛋白Ezrin的分离鉴定策略和方法。并分别在三个不同系统中，采用IP靶标蛋白富集提取、LC/MS/MS分析、蛋白质生物信息学检索以及手工解谱等技术，研究鉴定了食管癌细胞中Ezrin蛋白翻译后修饰、相互作用蛋白，分析了转移生长因子对Ezrin修饰和作用蛋白的影响以及主要差异性蛋白的生物学意义。结果表明，在鉴定出Ezrin磷酸化修饰的同时还发现了一些未知修饰；鉴定出一种可能与Ezrin相互作用的蛋白复合体Ezrin/ITGA5；在刺激因子影响下鉴定出两种可能与Ezrin相互作用的激酶。
再次，建立了食管癌细胞骨架捆绑蛋白Fascin的分析策略和方法。主要采用基于Pull-down策略提取、LC/MS/MS鉴定，以及生物信息学分析等技术，研究了食管癌细胞中Fascin存在形式，是否存在复合蛋白，并分析了与其可能相互作用的蛋白质组。实验结果表明，鉴定出一些角蛋白(keratin)，推测这些蛋白可能与Fascin具有相互作用。