中国35年的改革实践表明，农村家庭承包制能够有效解决农业生产分散劳动过程中监督不力所产生的低效率问题，从而有力地促进了我国农业生产发展和粮食供给，为我国顺利推进各项改革提供了强有力的动力。然而，由于政府推进“均分制”的土地分配政策，必然导致农户家庭土地经营偏小以及农地细碎化的现状，尤其突出表现的是在市场经济的在浪潮中，分散化、小规模经营的农户家庭面临农产品市场销售价格波动时常常处于被动状态，从而带来了农民增长不增收的不利结局，如果这种局面长期发展下去，这不仅不利于农村长期发展，更会影响整个国家经济和社会的协调发展。国内越来越多的学者认识到，大力发展农民合作社不仅符合世界上大多数国家农业发展的历史趋势，而且更是中国加快推进农业产业化和现代化的现实选择。本文主要通过问卷调查、统计分析等方式，运用交易成本、信息经济学、理性预期等现代经济学理论，结合对粤、皖两省30市68个县（区）127个农民合作社有效样本调查数据，运用主成分分析法测度农民合作社的异化度，并测度异化对农民合作社的绩效所产生的影响。研究表明，为了更好地促进我国当前农民合作社健康、稳定发展，不断提高农民收入增长，因此，得出三点结论：首先，政府相关职能部门在审批开办农民合作组织时，应优先考虑那些各方主体明确的农民合作社，帮助合作社做好产权界定工作，避免因主体缺失可能引发有损于合作社发展的机会主义事件发生，从而最终导致合作社的分裂。其次，在主体明确的前提下，进一步完善农民合作社各项规章和法律制度建设的同时，不断提高合作社管理者的能力，加强合作社组织治理，尤其要注重体现组织成员的意愿和行使各项权力的诉求，实现农民合作社制度安排上的非均衡性和激励相容性。第三，努力解决组织内部存在利益冲突、代理问题以及“隧道效应”等治理问题，把农民合作社真正办成“使用者所有、使用者控制和使用者受益”的合作社，防止各种不利于农民合作社良性发展的机会主义行为发生。