流域生态补偿在现阶段的流域生态环境保护中受到越来越多的关注。流域生态补偿通俗的讲就是使保护流域生态环境的主体得到补偿，而破坏流域生态环境的主体做出补偿。流域生态补偿的目的是要保护流域生态环境，实现流域生态环境的不断改善。我国现有的流域生态补偿的研究主要侧重于对补偿标准、补偿方式的研究，对交易费用的研究较少。交易费用是新制度经济学的重要组成部分，将交易费用概念引入流域生态补偿可以衡量流域生态补偿机制的运行效率。在国内外学者研究的基础上我们将流域生态补偿中的交易费用定义为：在流域生态补偿机制运行过程中，除生态补偿额之外的组织、执行、协调、监督活动所对应的成本。从上述定义可以看出，流域生态补偿中的交易费用与生态补偿的补偿额无关，但与补偿发生的次数有关。流域生态补偿交易费用直接影响生态补偿机制的运行效率，进而影响人们保护水资源的积极性。流域生态补偿中的交易费用是衡量补偿机制运作效率的重要指标。流域生态补偿中的交易费用按照补偿机制运作的过程主要包括组织成本、水质水量等指标的监测成本、纠纷仲裁协商成本以及监督保障成本。组织成本包括在流域生态补偿中确定补偿双方、相关补偿条款协议的起草和制定等方面投入的成本，其中包括人、财、物等的投入；监测成本主要包括监测站的建立、监测设备的购置、监测过程所产生的费用以及监测数据统计分析等成本；仲裁协商成本是指协商平台和管理机构的设立、运作和维护所产生的成本；监督成本是对流域生态补偿协议的实施进行监督，监督机构的设立、工作人员的日常开支以及人员的薪酬等。流域生态补偿模式按照组织的主体主要分为政府补偿、市场补偿和准市场补偿，每一种模式在实践中又有多种形式，从交易费用的角度进行比较可以发现市场补偿适用于产权较为明晰，补偿参与主体数量不太复杂的情形。此时生态补偿主体易于确定，搜寻和谈判成本相对较低，因此这一情形下达到同样效果的市场补偿的交易费用要低于政府补偿。而在产权不明晰，交易主体较为复杂的情形下，政府补偿可以有效克服搜寻、谈判过程交易费用过高的问题，综合考虑整个过程中的交易费用，政府补偿要低于市场补偿，但是所能取得的实际效果不佳。结合国内实际环境，目前流域生态补偿更适合于准市场补偿模式。通过合理的制度安排可以降低交易费用。通过对流域生态补偿中交易费用内容的界定、影响因素的分析以及各部分交易成本的分析计量可以看出，要降低流域生态补偿的交易费用，必须在补偿模式的选择以及协议制定的过程中尽量降低监测的次数和纠纷发生的次数。同时，流域生态补偿机制的实施需要配套机制的辅助和保障才能更加有效率的运作，主要包括法律机制、补偿资金管理机制、仲裁协商机制、环境产权交易机制、反馈监督机制等。