云杉矮槲寄生(Arceuthobium sichuanense)是槲寄生科(Viscaceae)油杉寄生属（Arceuthobium）的多年生半寄生性种子植物，受其侵染的寄主由于光合蒸腾作用以及自身防御能力的削弱而最终导致死亡。目前，矮槲寄生害在青海等地区的云杉林发生普遍，严重威胁云杉的健康成长。为了解病害流行成灾的原因，明确寄生植物群体的遗传背景，从而进一步了解云杉矮槲寄生的进化历史及其地理分布格局的成因。本文对来自青海、甘肃、四川省的9个群体的62个个体的核基因ITS1序列和13个群体的135个个体的三个叶绿体基因间隔区trnH-pabA、clpP-psbB、atpB-rbcL序列进行分析，探究了云杉矮槲寄生的遗传多样性和群体遗传结构。主要研究结果如下:　　(1) ITS1序列共产生16个单倍型，单倍型多样性为h=0.6785，核苷酸多样性为π=0.0059，群体间的遗传多样性水平存在很大差异(h=0.0000～1.0000，π=0.0000～0.0094)。叶绿体序列检测到9种单倍型，单倍型多样性为h=0.7331，核苷酸多样性为π=0.0055，总的遗传多样性较高(HT=0.716)，而群体内平均遗传多样性偏低(HS=0.163)。　　(2)ITS1序列的AMOVA分析显示云杉矮槲寄生群体内的遗传变异占到51.37％，群体间为48.63％。遗传分化系数GST=0.421，NST=0.526，具有明显的谱系地理结构。Network单倍型网络分析表明，单倍型H1和H12较为古老，且所有群体对两种单倍型无共享现象。基于最大似然法(ML)构建的群体聚类和中介邻接法构建的单倍型网络图均显示四川的3个群体为独立类群，区别于青海、甘肃群体，且甘肃和青海的群体之间没有明显分化。　　叶绿体序列的SAMOVA分析显示单倍型系统发育树和网络图的构建均表明青海班玛群体和四川群体分为一组，而其余青海、甘肃群体为另一组，其中单倍型H2和H7是祖先单倍型。AMOVA分析显示96.33％的遗传变异来自组间，组内群体间和群体内的遗传变异分别为2.73％和0.94％。遗传分化系数GST和NST分别为0.773和0.979，叶绿体单倍型存在明显的谱系地理结构。Mantel检验的结果表明云杉矮槲寄生群体的地理距离与遗传距离之间呈显著的正相关。四川、青海班玛群体和青海其它地区以及甘肃的群体隔开，组间缺少了基因流动导致较高的遗传分化水平出现。　　(3)叶绿体序列的中性检验和错配分布分析显示云杉矮槲寄生群体并未经历过大规模的群体扩张和迁移，可能发生了平衡选择而有些偏离中性进化，长期的地理隔离和不同寄主的选择压力使组间的分化日益加剧。　　(4)在所有群体中甘肃碌曲群体和青海班玛群体的单倍型多样性和核苷酸多样性水平均比较高，且祖先单倍型在这两个群体也均有分布，推测云杉矮槲寄生在第四冰期存在两个地理隔离的避难所。