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为了研究PPARα信号通路相关基因与牦牛肌内脂肪酸含量及组成的关系，为牦牛肉质的选育提供分子理论基础，本研究以甘南牦牛和甘南地区黄牛为研究对象，利用分子生物学技术克隆了牦牛FABP4、ApoA1、LPL和SCP2基因，并且对其编码的蛋白质进行了生物信息学分析；使用Real-Time PCR技术检测了牦牛和黄牛背最长肌中候选基因的mRNA表达水平，同时分析了其在牦牛和黄牛之间的表达差异及其与脂肪酸组成的相关性；使用Western blot技术检测了LPL蛋白在牦牛和黄牛肌肉组织中的表达水平，以期为牦牛肉质的选育提供分子理论依据。研究结果如下：(1)牦牛背最长肌中单不饱和脂肪酸(MUFA)和多不饱和脂肪酸(PUFA)含量均极显著高于黄牛(P <0.01)，而饱和脂肪酸(SFA)显著低于黄牛(P <0.05)。黄牛背最长肌中未检测到EPA和DHA。(2)克隆获得了牦牛FABP4、ApoA1、LPL和SCP2基因的完整编码区(CDS)。FABP4基因CDS区全长399bp，编码132个氨基酸，FABP4蛋白含有Cytosolicfatty-acid binding家族蛋白功能结构域，无信号肽，含有11个磷酸化位点；ApoA1基因CDS区全长798bp，编码265个氨基酸，ApoA1蛋白含有Apolipoprotein家族蛋白功能结构域，前18位氨基酸为信号肽，含有11个磷酸化位点；LPL基因CDS区全长1437bp，编码478个氨基酸，LPL蛋白含有Lipase和PLAT家族蛋白功能结构域，前24位氨基酸为信号肽，含有22个磷酸化位点；SCP2基因CDS区全长1632bp，编码543个氨基酸，SCP2蛋白含有Thiolase N、Thiolase C和SCP2家族蛋白功能结构域，无信号肽，含有20个磷酸化位点。(3)使用Real-time PCR技术检测牦牛和黄牛背最长肌中候选基因的mRNA表达量，发现牦牛FABP4和SCP2基因mRNA表达量显著低于黄牛(P <0.05)，且APOA1基因mRNA表达量极显著低于黄牛(P <0.01)；牦牛LPL基因mRNA表达量显著高于黄牛(P <0.05)。(4)牦牛FABP3(P <0.05)和LPL (P <0.01)基因mRNA表达量与肌肉MUFA具有显著负相关；FABP4和SCD基因与PUFA具有显著正相关(P <0.01)，与C22:0具有显著负相关(P <0.05)；CD36和APOA1基因与C12:0和C15:0具有显著正相关(P <0.05)；SCP2基因与C10:0、C12:0和C14:0具有显著正相关(P <0.05)；PLTP基因与C18:2n6t呈显著正相关(P <0.05)；DBI基因与C20:0具有显著负相关(P <0.05)。在黄牛中，PLTP基因与SFA和C16:0具有显著正相关(P <0.05)；LPL基因与MUFA和C20:0具有显著正相关(P <0.05)，与C10:0具有显著负相关(P <0.05)；APOA1基因与SFA、C16:0和C18:0具有显著负相关(P <0.05)。因此，候选基因可能参与了牦牛肌内脂肪酸代谢的调控，可以将其作为牦牛脂肪酸性状选育的候选基因。(5)通过Western Blot技术检测LPL蛋白在牦牛和黄牛肌肉中的表达量，发现LPL蛋白在牦牛和黄牛背最长肌中的表达量差异不显著(P>0.05)。