山区拥有重要的生态屏障功能和巨大的经济价值。目前，我国山区生态环境问题越来越突出，有些已经危害到国家环境安全和社会经济正常运行。开展山区生态保护区域协调的法律问题研究，有利于科学地保护山区生态环境，促进山区综合生态系统管理在我国的实现，为我国山区的生态保护提供新视角和相关区域协调的法律意见，并对我国出台专门山区法形成初步探索。山区的生态系统是相对独立而又完整的，但由于历史、政治、经济的多方面原因，完整的山区生态系统总是被人们分割成不同的行政区域来管理，这不符合综合生态系统管理的思想和理念。而在不改变行政区划的前提下，行政区域间的协调合作是实现山区综合生态管理的关键。本文顺应环境资源法的理念，以综合生态系统管理与法律的联结点作为突破口，探索山区生态保护区域协调的途径。文章中通过研究山区生态环境的整体性与行政区划的分割现状之间的矛盾，以综合生态系统管理为视角提出通过行政区域协调来保护山区生态系统的完整性；并分析我国目前山区区域协调法律法规的不足及表现，忽视山区生态系统的相对独立性和地方政府的自利性、保护主义等是我国目前涉及山区的法律法规极少突破行政区划限制的主要原因；借鉴域外山区综合生态系统管理的法治经验，结合国内实现山区综合生态系统管理的积极条件，得出我国山区生态保护区域协调需要制定专门《山区法》和山区区域协作立法及建立健全山区统一管理机构等的结论；与此同时，提出完善功能区划制度、完善地方政府考核机制、完善生态补偿制度等作为山区生态保护区域协调的重要手段。