福建省现代农业发展存在着规模不经济、增长速度不稳定、促进农民就业与增收能力偏弱以及对生态环境的外部不经济等问题。这些问题的主要原因是新农村主导产业发展薄弱。新农村主导产业是在新农村建设背景下，运用现代发展理念，采取不平衡发展战略，以农业生产为基础，跨越城乡界限并且涉及生产、加工、流通三个环节的同类属性的企业经济活动总和。它不仅具有主导产业的一般特征，而且能够发挥比较优势、保护生态环境、促进农民就业与增收，能够充分发挥现代农业的生产、生活和生态三大功能。根据新农村主导产业的选择原则和福建省的省情，水产业、畜牧业、林产业和园艺产业可以作为新农村的主导产业。 本文运用系统方法论从自然、经济、政治、文化、社会资本条件等方面分析了新农村主导产业发展过程中面临的运行条件、观念和外部环境制约，并从制度层面分析了新农村主导产业发展面临的运行机制问题。在此基础上，提出福建省新农村主导产业发展的政策建议：一是要发挥海西区域的比较优势，二是要强化基础设施的优质供给，三是要解除产业发展的观念束缚，四是要加快产业发展的制度创新。本文认为，要以科学发展观看待新农村主导产业，政府应该统筹城乡发展，协调促进生产、加工、流通等三个产业链的关联互动。