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蝶类是鳞翅目中的一大类,全世界约有14000多种,除了极地寒冷地区以外,其它各地均有分布,其中以美洲品种最多,在亚洲台湾,蝴蝶的品种也相对繁多,现已成为研究昆虫发育、进化和生态学等研究领域重要的模式生物之一。本研究测定了玉斑凤蝶(Papilio helenus)、碧凤蝶(Papilio bianor)和箭环蝶(Stichophthalma lousisa)线粒体基因组全序列,以及箭环蝶(Stichophthalma lousisa)、蓝点紫斑蝶(Euploea midamus)、燕凤蝶(Lamproptera curius)和黄斑弄蝶(Ampittia dioscorides)的核基因EF-1α序列,并联合GenBank中已公开的蝶类物种全序列及相应的核基因EF-1α数据,分别使用邻接法(Neighbor-Joining, NJ),最大简约法(Maximum parsimony method, MP)和贝叶斯推断法(Bayesian Inference, BI)构建了12棵蝶类物种的系统发育树,主要研究内容及结论如下：1.所测定的3种蝶类线粒体基因组全序列GenBank序列号分别为：玉斑凤蝶KP247522,碧凤蝶KF859738,箭环蝶KP247523；基因组序列全长分别为：玉斑凤蝶15607bp,碧凤蝶15357bp,箭环蝶15721bp。所测四种蝴蝶的核基因EF-1α序列的GenBank序列号分别为：箭环蝶KP153248,蓝点紫斑蝶KP153246,燕凤蝶KP153247,黄斑弄蝶KP153245；所测EF-1α序列的长度分别为：箭环蝶1037bp,蓝点紫斑蝶1034bp,燕凤蝶1037bp,黄斑弄蝶1037bp,构建系统发育树时,EF-1α序列使用的长度为913bp。其中线粒体基因组全序列均包含13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一个AT富含区。2.三种蝶类线粒体基因组全序列中AT含量分别为：玉斑凤蝶80.21%,碧凤蝶80.61%,箭环蝶79.70%,具有明显的AT偏向性。3.三种蝶类除COI基因以外的蛋白质编码基因的起始密码子都为典型的ATN,其中COI基因的起始密码子均为CGA。三种蝶类均以TAA作为主要的终止密码子,并都有不完全终止密码T和TA存在。4.三种蝶类的tRNA基因,除tRNASer(AGY),其余21个tRNA均为典型的三叶草结构。5.三种蝶类AT富含区的长度分别为：玉斑凤蝶753bp,碧凤蝶528bp,箭环蝶909bp。AT富含区中AT含量分别为：玉斑凤蝶92.9%,碧凤蝶93.37%,箭环蝶95.27%。都含有类似微卫星的重复序列(AT)n或(TA)n,以及多聚A或多聚T结构。6.本研究构建的12棵系统发育树中,主要支持的系统发育关系为：(((蛱蝶科+眼蝶科+斑蝶科)+(粉蝶科+灰蝶科)+弄蝶科)+凤蝶科)。