随着电子商务在全球的迅猛发展，商业方法软件的法律保护显得日益重要，尤其是商业方法软件的专利性问题引起很大的争论。欧美日等国家和地区正在开展大规模的商业方法软件专利申请，并在加紧互相协调。中国台湾省也正对商业方法软件采取专利保护。美国花旗银行已经向中国大陆提出了19项这方面的专利申请，而按照中国的专利法律，一般观点认为对于商业方法软件不能授予专利。本文在这样的国际背景下对商业方法软件法律保护问题展开讨论。本文共分为六部分。第一部分提出由电子商务引发出的对商业方法软件的法律保护问题；第二、三部分对著作权保护模式和商业秘密保护模式的内容进行了分析，着重讨论了和TRIPS协议相比，我国著作权法律制度和商业秘密法律制度对商业方法软件保护的不足之处，著作权模式和商业秘密模式在保护商业方法软件时各自所存在的局限性；第四部分首先讨论我国对商业方法软件采取专利保护模式的必要性，接着在讨论了我国对商业方法软件授予专利的可行性之后，分析了采用专利模式保护商业方法软件的局限性；第五部分归纳了WTO时代我国对商业方法软件保护的法律选择；在文章的最后作者得出结论，我国政府、法学界、企业界等等应该互相协调，尽快解决商业方法软件在我国的专利性问题，综合运用各种法律保护模式对商业方法软件进行切实有效的保护，以促进我国电子商务在自主知识产权基础之上健康发展。