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海蜇（Rhopilema esculenta Kishinouye1891）隶属于腔肠动物门、钵水母纲、海蜇属，是目前国际公认的品质最好、经济价值最高的可食用大型水母。海蜇营养结构独特，药用功效显著，深受国内外广大消费者亲睐。近年来作为大宗出口海产品，海蜇在我国出口创汇中也占有重要地位。作为传统捕捞对象，我国海蜇渔业历史悠久，20世纪七十年代，全国海蜇鲜品年捕捞量最高超过70万吨。然而，由于长期的过度捕捞和海洋环境恶化，近二十年来，海蜇自然资源急剧减少，面临枯竭的危险。据统计，到八十年代后期，全国海蜇渔业捕捞量已急剧降至10万吨左右，到2011年，全国海蜇总产量甚至不足1万吨，海蜇渔业的行业价值正逐渐丧失。引起海蜇资源枯竭的原因是多方面的，从DNA分子水平上了解海蜇种群的遗传变异水平，明确目前海蜇种质资源的状况，将为海蜇的种质资源保护、标记辅助育种、人工增养殖方案的制定以及遗传选育提供科学依据。本论文包括以下研究内容：（1）海蜇基因组微卫星分子标记的开发与群体分析：采用磁珠富集法，从海蜇基因组内筛选、设计并合成了52对引物，经海蜇群体（N=48）验证，筛选出15个具有遗传多态性的微卫星标记。15个位点共获得93个等位基因，范围在2-12之间，平均每个位点有6.2个等位基因。期望杂合度范围在0.0086-0.7055之间，平均值为0.3137；表观杂合度范围在0.0417-0.8750之间，平均值为0.3459；15个位点中有1对偏离了哈迪温伯格平衡定律（p<0.0033）。此外，连锁不平衡测试未发现位点间存在连锁不平衡。（2）海蜇转录组微卫星分子标记的开发与群体分析：从海蜇转录组文库中共挑选出83对引物，经海蜇群体（N=48）验证，最终开发出17个具有遗传多态性的微卫星标记。获得69个等位基因，范围在2-11之间，其中有15个位点等位基因数在2-6之间。期望杂合度范围在0.1180-0.5353之间，平均值为0.3568；表观杂合度范围在0.0417-0.5833之间，平均值为0.3346。通过计算平衡时P值，Bonferroni校正后发现其中有1个位点偏离了哈迪温伯格平衡定律（p<0.0029）。经过连锁不平衡检测实验结果，发现有3对位点间有连锁不平衡。（3）海蜇转录组微卫星分子标记的应用：a）海蜇转录组微卫星分子标记跨属的可转移性应用：从海蜇转录组文库里挑选出127对序列引物，合成后在沙海蜇群体（N=48）中进行扩增。结果共开发出14个多态性位点，获得42个等位基因，范围在2-4之间，期望杂合度范围是0.1333-0.7055，平均值为0.3574；表观杂合度范围是0.2979-0.7292，平均值为0.5919；有2个偏离了哈迪温伯格平衡定律（P＜0.0036），有2对（RE5-RE11和RE5-RE49）位点间存在连锁不平衡。b）海蜇转录组微卫星分子标记跨目的可转移性应用：从海蜇转录组文库里挑选出127对序列引物，合成后在海月水母群体（N=48）中进行扩增。结果共开发出35个多态性位点。包括4种重复类型，其中二核苷酸有10个，以(AT)n居多；三核苷酸有23个，以(CTT)n和(GTT)n最多；四核苷酸重复、复合核苷酸重复各为一个。扩增产物大小在139-279bp之间，退火温度在48-62之间。C）海蜇转录组微卫星分子标记在沙海蜇不同地理群中的应用：将a）中自主开发的14个多态性位点，应用到山东半岛和长江口海域的两个沙海蜇野生群体中，结果表明位点均具有较好的多态性。平均观测等位基因数是4.21，平均有效等位基因数是2.03。观测杂合度范围平均值为0.2415；无偏期望杂合度平均值为0.8404。近交系数Fis平均值为0.2276。基因分化系数（Fst）值表明，两个位点属于高度遗传分化；两个位点属于中度分化；其余10个位点属于轻度遗传分化。基因分化系数平均值为0.1060，表明种群间遗传变异占总遗传变异的比例有10.60％。群体间遗传相似性系数（I）为0.8308，遗传距离（D）为0.1147。表明两个沙海蜇地理群间遗传差异程度很低，遗传相似度极高。d）采用转录组454GS FLX测序和PCR技术，以海蜇和沙蜇的基因组DNA为模板，分别克隆了包含EST-SSR和EST-SNP标记的β-连环蛋白基因目的片段。生物信息学分析显示，β-连环蛋白基因目的片段长度分别为166/169bp和157/160bp，均没有内含子。海蜇β-连环蛋白基因目的片段除了微卫星重复差异外，只有一个碱基的差异；沙海蜇除了微卫星重复差异外，其余完全一致。在海蜇和沙海蜇β-连环蛋白基因目的片段的相同位置均包含微卫星重复，但其重复单元截然不同：海蜇为：(TGC)4-6(TGT)1-2(TGC)4-5，而海蜇为(TGT)5-6。同时两物种间还存在14个单核苷酸多态位点：(T/C)1,(T/C)2,(C/T)3,(C/T)4，(C/T)5，(T/G)6，(G/C)7，(T/G)8，(A/G)9，(C/T)10，(G/A)11，(A/G)12，(C/T)13，(A/T)14。