微生物通过多种类型的相互作用模式,构建起了一个庞大复杂的微生物生态系统,这个生态系统在动物肠道与土壤环境中发挥着重要作用。目前,肠道微生物和土壤的微生物研究已经成为全世界研究的热点。动物肠道与土壤的微生物群落相互关联、密不可分。动物肠道功能的运行离不开微生物群落,而微生物多样性最高的环境则是土壤。为掌握野生丹顶鹤与白枕鹤肠道微生物群落结构和潜在功能,以及土壤微生物与鹤肠道微生物的关联,本研究运用16S rRNA高通量测序技术分析了我国扎龙自然保护区内求偶期野生丹顶鹤与白枕鹤的肠道微生物,同时分析了两种鹤的觅食地土壤微生物。本研究为构建鹤类肠道微生物评估体系提供了重要参考数据。得到以下主要研究结果:（1）丹顶鹤肠道中注释得到32种菌门,白枕鹤肠道中注释得到34种菌门,两种鹤的肠道内菌门组成主要有厚壁菌门（Firmicutes）、变形菌门（Proteobacteria）、弯曲杆菌门（Campilobacterota）、放线菌门（Actinobacteriota）、拟杆菌门（Bacteroidota）;在属分类水平上,丹顶鹤肠道内注释得到850种菌属,白枕鹤肠道内注释得到950种菌属,组成主要有卡泰利球菌属（Catellicoccus）、乳酸菌属（Lactobacillus）、弯曲菌属（Campylobacter）。土壤中注释得到35种菌门,组成主要有变形菌门、拟杆菌门、放线菌门、芽单胞菌门（Gemmatimonadota）、酸杆菌门（Acidobacteriota）和粘球菌门（Myxococcota）;土壤中微生物注释得到801个菌属。（2）丹顶鹤与白枕鹤肠道之间有6种菌门在丰度上存在显著差异（P＜0.05）,丹顶鹤肠道与土壤之间有31种菌门存在显著性差异（P＜0.05）,白枕鹤肠道与土壤之间有28种菌门存在显著性差异（P＜0.05）;在属分类水平上,两种鹤肠道中共有133种菌属有显著差异（P＜0.05）,丹顶鹤肠道与土壤中共有478种菌属有显著差异（P＜0.05）,白枕鹤肠道与土壤中共有479种菌属有显著性差异（P＜0.05）。分析认为遗传因素是造成两种鹤肠道微生物存在丰度差异的主要因素。（3）丹顶鹤与白枕鹤肠道微生物α多样性无显著差异（P＞0.05）;两种鹤肠道微生物α多样性与土壤之间存在极显著差异（P＜0.01）;丹顶鹤与白枕鹤肠道以及土壤之间的微生物β多样性都存在显著差异（P＜0.05）。微生物多样性分析结果表明了微生物的多样性受不同类型的环境影响较大。（4）丹顶鹤肠道与土壤中丰度前50菌属之间都是正相关关系,白枕鹤肠道与土壤中丰度前50菌属之间除卡泰利球菌属外都是正相关关系。从菌属之间的相互关系可以看出多数情况下土壤微生物对鹤肠道微生物是“有益”的。（5）两种鹤肠道微生物的KEGG代谢通路功能在level 1以新陈代谢、遗传信息处理和环境信息处理为主;在level 2以膜运输、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、复制与修复和翻译为主;在level 3注释到306种已知的功能代谢通路类群,其中35个功能代谢通路类群在两种鹤肠道内存在显著差异（P＜0.05）。