水资源领域存在的根本问题是如何利用有限的水资源，水权及水权市场理论是适应水资源紧缺和市场经济条件的管水、配水、用水方式，可以调剂供用水余缺，提高用水效率和效益，促进经济社会发展。在研究水权市场基本理论、学习总结国内外水权交易实践和理论的基础上，论述了水权市场的建设和运作理论，并运用相关理论研究了塔里木河流域水权市场的建设和运作。水权市场建设包括内部组织结构和外部环境建设两个方面。内部组织结构包括三个组成部分，即水权市场主体、交易中介组织和市场管理者。根据我国的实际情况，水权市场主体确定为政府和用水户，而供水企业不宜成为市场主体；水银行是一种水权交易的中介，研究了水银行含义、水银行的机构设置和水银行的业务；讨论了水权市场建设中政府的角色和作用。水权市场外部环境包括水权市场文化环境、法制环境、公共管理环境和技术环境等方面。研究了水权交易价格的定价方法，包括政策性水权价格、成本核算水权价格、边际成本水权价格和水权影子价格等。分析了影响水权价格的变动因素，即自然因素、技术因素和经济及社会因素等，以及这些因素的变化引起的水权价格的变动趋势。水权市场动态运作包括水权交易主体在市场上的交易博弈行为和政府对市场的调节以及对水权市场引致问题的解决。基于完美贝叶斯均衡建立了水权市场博弈模型，分析了买卖双方策略选择空间，阐述了三种市场均衡类型，指出了提高市场效率的方法。给出了政府调节水权市场运作的具体经济政策工具，阐述了水权市场经济政策配套工作。指出了水权市场引致问题即交易外部性问题和效率与公平问题的解决方法。塔里木河流域水权市场建设研究的范围选择塔里木河流域“四源一干”区域，确定了塔里木河流域水权分配的原则和水权配置的结构层次；建立了塔里木河流域四级梯阶水权市场架构，确定了各级水权市场不同的市场交易主体和市场管理者；研究了塔里木河流域水权市场建设的相关措施；测算了塔里木河流域水权价格；讨论了塔里木河流域水权市场运作机制。