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研究目的1.运用生物信息学方法分析透明细胞性肾细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)中表达差异显著的基因,并获取目的基因。2.对目的基因神经元正五聚体蛋白2(neuronal pentraxin 2,NPTX2)在ccRCC中的表达情况及其临床意义进行初步探索。材料与方法1.ccRCC相关差异基因的生物信息学分析1.1通过NCBI-GEO数据库下载ccRCC基因芯片数据,用R语言“affy”程序包的RMA函数对其进行标准化预处理,“limma”程序包分析并获得差异表达基因,选取|logFC|>2且t检验FDR<0.05的基因,即获得显著性差异表达基因列表。1.2使用“clusterProfiler”程序包对所得显著性差异表达基因列表进行GO功能分析(包括BP、CC、MF)及KEGG通路富集分析。1.3通过分析相关性及研究意义等获取目的基因。2.NPTX2在ccRCC中的表达及其临床意义运用qPCR、western blot或免疫组织化学法分别从mRNA水平和蛋白质水平上对ccRCC细胞系和组织中NPTX2基因的表达情况进行检测。2.1对体外培养细胞系(人肾小管正常上皮细胞系HK-2、人肾透明细胞癌原发灶细胞系786-O和胸水转移灶细胞系ACHN):采用qPCR和western blot法检测NPTX2在细胞系中的mRNA及蛋白的表达情况,并分析其在正常与癌细胞系中的表达差异。2.2对组织标本:(1)cDNA芯片(15例ccRCC癌及对应癌旁正常组织):采用qPCR法检测并分析NPTX2 mRNA在两者中的表达情况及差异;(2)新鲜组织(4例ccRCC癌及对应癌旁正常组织):采用western blot法检测并分析NPTX2蛋白在两者中的表达情况及差异;(3)组织蜡块(70例ccRCC癌及对应癌旁正常组织):采用免疫组化EnVsioni法进一步验证NPTX2蛋白在两者中的表达情况及差异,并分析NPTX2蛋白表达与ccRCC患者的重要临床参数及预后之间的关系。结果1.ccRCC相关差异基因的生物信息学分析1.1在GEO分析中,总共获得了9550个ccRCC相关差异表达基因,其中表达差异显著的基因共有832个(上调438个,下调394个)。1.2 GO及KEGG富集分析发现,ccRCC中许多显著性差异表达基因在控制与改变肿瘤相关的代谢活动、细胞黏附、信号转导、炎症/免疫反应等方面起着重要作用。1.3获取到目的基因NPTX2。2.NPTX2在ccRCC中的表达及其临床意义2.1在ccRCC细胞系及癌组织中,NPTX2的mRNA水平和蛋白质水平均明显高于正常细胞系及癌旁正常组织,其差异有统计学意义(P<0.05)。2.2 NPTX2蛋白表达水平与ccRCC肿瘤WHO/ISUP病理分级相关(P<0.05),与患者的性别、年龄、TNM分期和肿瘤大小尚不能认为相关(P>0.05)。2.3 Kaplan-Meier单因素分析及log-rank检验显示NPTX2蛋白表达水平高低与患者的生存相关(P=0.04):高表达组患者同期生存率低于低表达组,预后较差。结论NPTX2在ccRCC癌组织中异常高表达,与ccRCC肿瘤WHO/ISUP病理分级及患者的预后相关,可作为潜在的ccRCC诊断及判断预后的生物标志物。