华重楼的块茎含有以甾体皂苷为主的药用成分,具有多种药理活性和良好的药用功效。目前,人工栽培重楼品质参差不齐,筛选优良重楼种源是保证重楼栽培高品质、可持续发展的重要途径。本研究以湖南省林业科学院国家林下经济示范基地与湖南省新宁县万青种养专业合作社种质资源圃中的湖南省与周边省市不同种源华重楼为研究材料,基于分子水平上的DNA条形码ITS序列与psbA-trnH序列、农艺性状与药用成分,探究不同种源的遗传差异性的表现与特征,对不同种源的差异性进行分析,并从中进行优良种源的筛选,研究结果如下:（1）在ITS序列中,供试种源的序列长度在634-635bp,并在会同、五峰、华蓥、龙山、光泽、永安、环江等7个种源种中存在若干特异性突变位点,可用作鉴别不同种源的识别特征。遗传距离在0-0.0142之间,平均遗传距离为0.0034,表明ITS序列下的不同种源华重楼在种内存在变异,具有一定的遗传多样性。系统发育树显示所有种源被分为A、B两大类群,不同种源间亲缘关系与其地理分布存在相关性。（2）在psbA-trnH序列中,供试种源的序列长度在1024-1044bp,不存在特异性突变位点。遗传距离在0-0.0127,平均遗传距离为0.0023,仅在与吉首、保靖、光泽、永安等种源中存在明显变异,表明psbA-trnH序列下的种内变异保守,遗传多样性较低。系统发育树显示所有种源被分为A、B两大类群,不同种源间亲缘关系与其地理分布不存在相关性。（3）在农艺性状中,供试种源的平均变异系数为22.56%,变异幅度在9.74%-43.91%。整体变异程度最大的种源来自中方,最小的来自龙山。变异程度最大的性状是叶柄长,最小的是叶数。块茎长、块茎宽、叶长和叶面积等性状与其他性状间存在着较多的显著相关性或极显著相关性。供试种源可分为三个类群,来自第Ⅲ类群的种源具有较强的生长势和典型的高产性状。（4）在药用成分中,重楼皂苷Ⅰ、重楼皂苷Ⅱ、重楼皂苷Ⅵ、重楼皂苷Ⅶ和总皂苷等指标均在种源间存在不同程度的差异。重楼皂苷Ⅰ、重楼皂苷Ⅱ、重楼皂苷Ⅶ、重楼皂苷Ⅶ和总皂苷含量的变异幅度分别为1.303-11.286mg/g、0.372-3.708mg/g、0.000-0.581mg/g、0.203-4.815mg/g 与 6.152-15.040mg/g,表明其含量具有较大的变异范围。相关性表明,当重楼皂苷Ⅰ、重楼皂苷Ⅱ成分较高时,往往会含有较高的总皂苷成分。供试种源可分为A、B两个类群,其中A类群种源的特征为总皂苷含量低,多数种源的药用成分含量达不到平均水平;B类群种源的特征为总皂苷含量高,多数种源的药用成分含量超过平均水平,但重楼皂苷Ⅵ含量极低或没有。（5）基于隶属函数评价法筛选出的供试优良种源分别是秀山、桃源、永定、黎平和沅陵等5个种源。