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我国南方雨水多、田间积水严重是亚麻生长的主要限制因子，研究亚麻耐渍的生理机制及遗传机理，对我国南方亚麻耐渍的栽培调控和分子标记辅助育种具有重要意义。本研究以耐淹涝能力不同的48份品种为材料初步建立了亚麻耐渍能力的评价体系，筛选出耐渍型及非耐渍型品种；通过研究淹水胁迫对不同耐渍型品种农艺性状、生理生化特性的影响，初步揭示了亚麻耐渍的生理机制；以耐渍型品种及非耐渍型品种为亲本进行杂交，获得F1和F2代群体，进行遗传分析及RAPD分子标记研究。主要研究结果如下：（1）建立亚麻耐渍性的评价体系及耐渍材料的筛选通过盆栽试验，以淹水处理与正常水分条件下株高差为标准，结合其他农艺性状的分析对48份亚麻品种进行耐渍性鉴定，并将亚麻的耐渍性分为强、中、弱三级，筛选出耐渍性强的品种Y4F082、Y4F054、M22；耐渍性弱的品种：AgaMa、Argos、H1086，其余品种表现为耐渍性中等。进一步测定淹水处理后组培苗的株高，从初步筛选出的6个品种中选出最耐渍的材料Y4F082及耐渍性最差的材料AgaMa，用于分子标记研究。（2）亚麻耐渍的生理机制表现在农艺性状上，淹水处理使亚麻植株株高降低、工艺长度变短，茎秆变细，种子产量、纤维产量以及出麻率降低；淹水胁迫下耐渍型品种株高、工艺长度、出麻率等降低幅度小于非耐渍型品种；表现在生理生化特性上，淹水胁迫下不同耐渍型品种根、茎内部通气组织的发生及薄壁细胞的增生是衡量亚麻耐渍性强弱的指标；丙二醛（MDA）的积累量及稳定性体现了亚麻植株耐渍性的强弱；过氧化物酶（POD）活性的增加体现了亚麻植株体内消除活性氧自由基的能力，POD的活性增加显著说明植株对涝渍的适应性强。（3）亚麻耐渍基因的RAPD标记本研究采用组培苗耐渍鉴定的方法对F2群体进行耐渍性鉴定及遗传分析，F2代群体分离符合3∶1或1∶2∶1的分离规律，初步研究表明耐渍型亚麻品种Y4F082可能含有一个主效耐渍基因；根据混合群体分组分析法（Bulked Segregate Analysis，BSA）建立抗、感基因池。RAPD-BSA分析中，在500个随机引物中筛选出一个引物S1377在两亲本及抗、感基因池中均能扩增出一条大小为800bp的稳定的差异条带，命名为S1377-800，通过F2代个体验证，耐渍型个体均能扩增出此差异条带而非耐渍型个体中不能扩增出此差异条带，证明S1377-800是与亚麻耐渍基因紧密连锁的RAPD标记。