中国乡镇事业单位是传统计划经济体制下的产物，随着中国社会经济的发展及服务型政府建设的需要，事业单位改革已经势在必行。从交易费用理论的角度来看，“以钱养事”机制运行也是一种交易活动。交易活动是服务中心与乡镇政府就服务合同的协商、妥协、讨价还价、合同的达成及监督考核，服务中心向广大农民提供公益性公共产品等等。在交易活动中存在着有限理性、机会主义、未来不确定性和交易的小数目条件，这会增加交易成本，提高交易费用。就目前“以钱养事”机制而言，交易活动日益成熟，主要表现在政府与服务中心关系融洽、政府对服务中心的财政支持、政府对服务中心考核、对服务人员的“三卡”管理到位、农民的满意度提高等，但是也还存在不少问题，如基层乡镇政府和服务中心也是“经济人”，也存在有限理性，签订的服务合同存在不尽合理的地方；由于信息不对称导致的机会主义行为的存在，服务合同中的项目不是农民最需要的公益性服务，不反映农民的需求；服务中心与乡镇政府签订的服务合同基本上没有受益主体的第三方参与，合同内容不一定反映受益主体当前的需求，乡镇和县级业务主管部门是考评主体，他们不是直接的受益主体，而广大受益主体的意见影响不了考评结果；考评标准不够客观，农户在消费公益性服务的时候会有“搭便车”现象的存在，服务中心的利益得不到合理补偿等；由于未来的不确定性，存在服务合同无法履行或是加大履行的成本；由于市场经济发展的不成熟，竞争完全的市场没有形成，市场存在着垄断，交易的小数目条件的存在，服务主体单一，基本就是各个服务中心，乡镇一级没有较为成熟的专业技术市场让政府来选择，农村公益性服务市场被服务中心垄断，政府只能选择各服务中心来提供农村公益性服务，农村非营利组织等社会力量没有参与进来，市场化改革流于形式。概言之，现阶段“以钱养事”新机制运行中交易成本过高。那么如何解决“以钱养事”机制运行中出现的问题呢？本文认为可以把“以钱养事”新机制运行交易活动中交易费用高的原因总结为四种类型：有限理性、机会主义、未来不确定性和小数目的交易条件。因此，改革应该从节约不合理交易费用的角度出发，构建降低“以钱养事”的制度安排，主要是建立农村公益性服务需求的表达机制、健全乡镇领导干部和服务中心法人的定期培训机制、加强乡镇电子政务建设、降低不确定性、整合全县服务中心队伍、抑制机会主义行为以及培育和发展农村非盈利组织等。