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沙门氏菌可以引起鸡白痢、鸡伤寒和禽副伤寒,具有垂直传播和水平传播的特点,是严重危害养鸡业的重要病原菌。广西是养鸡大省,年饲养量超过10亿羽,掌握当前广西鸡源致病性沙门氏菌的流行优势菌株及其耐药特点,对鸡沙门氏菌病的防治具有重要的指导意义。1.鸡源致病性沙门氏菌多重PCR检测方法的建立及应用根据GenBank中发表的沙门氏菌属特异性毒力基因invA.质粒毒力基因spvR.鸡宿主特异性毒力基因fliC的序列,利用Primer Express 3.0软件设计合成了3对特异性引物。经过反应条件的优化,建立了检测鸡源致病性沙门氏菌的多重PCR方法。该方法可以特异性地扩增携带毒力质粒的致病性鸡沙门氏菌,而与大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌、志贺氏痢疾杆菌及普通变形杆菌均无交叉反应；对沙门氏菌菌液的检出下限为4.5×102 CFU/mL,对重组质粒标准品的检出下限为1.67×103拷贝/μL。应用所建立的方法,对采集的310份临床病料进行检测,结果检出invA基因阳性34份,占10.97%,其中invA+spvR基因阳性20份,占6.45%; invA+fliC基因阳性2份,占O.65%; invA+spvR+fliC基因阳性12份,占3.87%。2.鸡源致病性沙门氏菌的分离鉴定及血清型和药敏性分析采集疑似病鸡的组织病料,对沙门氏菌进行增菌和分离培养,对分离菌株运用VITEK System ATB Expression法ID 32E肠杆菌鉴定试剂条进行生化试验鉴定,应用玻片凝集试验进行血清型鉴定,采用ATB VET药敏试剂条对28种肠杆菌抗菌药物进行药敏性试验。结果,从310份疑似鸡病料中分离鉴定出34株致病性沙门氏茵；这些分离菌株中有A群1株、C2群1株、B群14株和D群14株,另有3株未定型,其中以B群鼠伤寒沙门氏菌和D群鸡白痢沙门氏菌为优势菌株；34株分离株对大观霉素和安普霉素全部敏感,对氯霉素、卡那霉素、庆大霉素的耐药率小于10%,对阿莫西林、链霉素、氟甲喹、恶喹酸、磺胺甲恶唑、四环素和呋喃妥因耐药率介于50%和90%之间,而对青霉素、苯唑西林、夫西地酸、利福平和甲硝唑的耐药率达到100%,并且存在多重耐药现象。3.鸡源沙门氏菌耐药性与耐药基因和血清群的相关性分析为研究沙门氏菌分离株耐药表型与耐药基因和血清群之间的关系,对血清型鉴定为B群和D群的29株鸡源致病性沙门氏菌,采用ATB VET药敏试剂条法对20种抗菌药物进行敏感性测定,应用PCR技术对这些抗菌药物19种相关耐药基因进行检测。结果,29株沙门氏菌分离株中,青霉素、苯唑西林的耐药率最高（100%）,耐药率超过50%的还有磺胺甲恶唑（82.76%）、链霉素（75.86%）、恶喹酸（75.86%）、氟甲喹（65.52%）、恩诺沙星（55.17%）、四环素（55.17%）、阿莫西林（51.72%）,而对大观霉素、庆大霉素、安普霉素、氯霉素、多粘菌素E没有出现耐药性。所有29个分离株至少对6种抗菌药物具有耐药性,以6-7重耐药为主（占51.73%）,最高可达14重耐药（占3.45%）。所检测的19种耐药基因中,共检测到14种耐药基因,其中blaTEM检出率最高（100%）,检出率超过40%的还有aadAl（62.07 %）> Sul2 （62.07%）、Sul3（51.72%）、tetA （48.28%）、qnrA （44.83%）,而blaPSE、aadA2、tetG、tetM、tetX未能检出。所有29个分离株至少携带2种耐药基因,以携带4～-6种耐药基因为主（占79.31%）,最多者携带10种耐药基因（占3.45%）。B血清群和D血清群的耐药表型和耐药基因携带率没有明显的差异。表明,广西鸡源致病性沙门氏菌耐药性及多重耐药性非常普遍,耐药表型与相关耐药基因检出率呈正相关,而与血清群之间无明显的相关性。4.超级细菌blaNDM-1基因TaqMan-MGB荧光定量PCR检测方法的建立及应用为建立快速检测超级细菌编码新德里金属p-内酰胺酶1（NDM-1）的blaNDM-1基因的方法,针对blaNDM-1及其变异体的基因序列设计一对特异性引物和一条MGB探针,以构建的含有blaNDM-1基因片段的重组质粒作为阳性标准品,经过反应条件的优化,成功建立了检测blaNDM-1基因的TaqMan-MGB荧光定量PCR方法。该方法可以特异性扩增blaNDM-1基因重组质粒标准品,而对鸡白痢沙门氏菌、大肠杆菌、多杀性巴氏杆菌和鼠伤寒沙门氏菌的标准菌株为阴性；检出下限为2.59拷贝/μL,比常规PCR敏感性高100倍；重复性试验的变异系数小于1.5%。应用所建立的方法对34株鸡源致病性沙门氏菌分离株进行检测,结果均未检测到目的条带,所有分离株均没有携带blaNDM-1基因。表明,本研究建立的TaqMan-MGB荧光定量PCR方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于监测携带blaNDM-1基因及其变异体的超级细菌。综上所述,本研究基于沙门氏菌属特异性毒力基因invA.沙门氏菌鸡宿主特异性基因fliC以及沙门氏菌质粒毒力基因spvR,成功建立了鉴别检测鸡源致病性沙门氏菌的多重PCR方法；对广西当前鸡源致病性沙门氏菌进行分离鉴定和耐药性分析,发现以B群鼠伤寒沙门氏菌和D群鸡白痢沙门氏菌为流行优势菌株,并且耐药性及多重耐药性非常普遍；针对当前流行优势菌株进行耐药表型与耐药基因、血清群的相关性分析,发现耐药表型与耐药基因呈正相关,而耐药表型与血清群之间无明显的相关性；针对超级细菌编码新德里金属p-内酰胺酶1（NDM-1）的blaNDM-1基因及其变异体,成功建立了检测blaNDM-1基因的TaqMan-MGB荧光定量PCR方法。