伴随着以高新技术产业为核心的新技术革命的到来，世界上各个国家越来越重视高新技术产业的发展。高新技术产业是前沿智力和资金密集型的新技术群的综合，是高层次的知识密集型产业。创新是高新技术产业生存和发展的必要源动力，只有不断的创新，才能不断的拥有高新技术，保持竞争优势。同时高新技术产业具有高风险和高收益等特征，因此如何降低和规避风险，提高创新绩效，逐渐成为相关学者研究的重点。本文首先对创新、高新技术产业及创新绩效等相关理论进行梳理，在此基础上界定了区域高新技术产业创新绩效评价的内涵，接着从内外两个方面对区域高新技术产业创新绩效影响因素进行分析。并从整体经营情况、创新活动情况、固定投资情况3个方面对我国2007-2011年高新技术产业整体发展情况进行简单介绍。参考DEA基本模型，建立评价指标体系和评价模型，首先利用DEA的Malmquist模型对我国28区域高新技术产业进行2006-2010年创新绩效总体趋势进行纵向评价，然后利用超效率模型对我国2010年高新技术产业4大行业进行横向分析。最后根据实证分析结果从提高科技成果转化能力、管理和技术水平、引导区域资源合理配置、促进区域间产业转移、建立区域联盟以及最核心的自主创新能力的提高几个方面提出相应对策建议。