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结核病(tuberculosis, TB)是由结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)感染导致的一种慢性呼吸道强传染性疾病。世界卫生组织WHO称目前全世界约有1/3的人口已经潜伏感染了M. tuberculosis。近年来,由于抗结核药物的不合理使用,多重耐药结核病(MDR-TB)和广泛耐药结核病(XDR-TB)出现的比率逐年增加。因此,探究M. tuberculosis的致病机制和耐药机制变得十分重要。非编码RNA (non-coding RNA, ncRNA)广泛存在于多种生物体内,参与调节基因转录、mRNA稳定性、RNA分子加工与修饰等许多生物学过程。研究发现,许多细菌的致病性与RNA密切相关。真核生物体液中存在许多参与调节细胞间信号交流的体外RNA (extracellular RNA)。研究证实许多疾病的发生与体外RNA表达异常密切相关。多数情况下,研究者仅关心细菌体内ncRNA的情况。最近一项研究表明,将M. tuberculosis与其培养基分离后,在培养基上清中提取到的RNA能够诱导人细胞产生早期凋亡现象。由此,我们的目光转向了细菌生长所处的培养基中。本文以分支杆菌的模式菌株耻垢分枝杆菌M. smegmatis mc2155培养基上清液中RNA为研究对象,对细菌培养基内RNA进行了研究与描述。旨在为M. tuberculosis相似研究提供方法学上的参考与依据,为进一步探究M. tuberculosis致病机制提供借鉴。体外RNA的测序结果显示,82.7%的RNA分子大小在18nt-28nt,这个范围与miRNA, siRNA大小相当：86%的RNA能与M. smegmatis mc2155基因组序列相吻合,证明在培养基上清中分离到的RNA来自M. smegmatis mc2155菌体内部。根据表达量高低和在基因组上的定位,进一步分析获得了46个潜在的ncRNA,其中34个位于编码区反义链,12个位于基因间区(IGR)。分支杆菌属内同源性比较发现,.M. smegmatis mc2155培养基上清中RNA与M. tuberculosis等致病菌同源性较低,与一些生长迅速慢、低致病性的细菌如Mycobacterium sp. KMS, Mycobacterium sp. MCS和Mycobacterium sp.JLS同源性较高。与M. smegmatis mc2155菌体内部RNA测序结果比较发现,细菌体内RNA和培养基中RNA在种类和相对数量上都有较大差别,因此对培养基中分离到的RNA来源做出了大胆假设,认为它们是由细菌通过分泌作用释放到培养基中的。最后,我们选取了8条在体外表达量高且在细菌内部表达量低的序列,利用Northern Blot成功检测到其中三个位于IGR区域的RNA,分析了这些RNA的二级结构,并将其列为下一步实验研究对象。