普洱茶为云南的历史名茶，是云南省普洱市的支柱产业。普洱茶也是后发酵茶，它的后发酵过程与微生物有紧密的关系。普洱茶原料的唯一来源是云南大叶种（主要利用的茶种是普洱茶）。微生物常与各种植物形成共生，成为植物的内生菌。内生菌的种类和生物学特性都具有多样性，内生菌常作为一类重要的微生物资源，也越来越受到关注。本研究是以普洱茶为研究材料，进行内生菌的研究工作，内生菌与普洱茶渥堆发酵的微生物有无相关性。课题组将普洱茶内生菌的鉴定与普洱茶茶园空气中的微生物鉴定同时进行，再与普洱茶渥堆发酵的微生物进行对照，初步确定参与普洱茶渥堆发酵的微生物的来源。将普洱茶健康叶片进行处理后，分离培养得到内生菌，使用聚合酶链式反应（PCR，Polymerase Chain Reaction）扩增细菌的16SrDNA序列或真菌的ITS序列，再将扩增得到cDNA样品送至基因公司进行测序，根据测序结果，在NCBI的BLAST系统中查出相应微生物，完成菌种鉴定。研究结果表明，普洱茶叶片中的内生菌种类和数量在茶芽中较少，老叶中也较少，而在生长较快的嫩叶中较多，且普洱茶品种间的差异不大。一般饮用的普洱茶的原料（生长较快的嫩叶）中内生菌是最多。因为从鲜叶到普洱晒青毛茶的加工过程中，仍有一些内生菌伴随,一部份内生菌还参与了普洱茶的渥堆发酵。