商品代鸡羽色自别的遗传基础是父母代母鸡是隐性白羽。本课题运用现代育种技术对矮小型粉壳蛋鸡配套系中母系一白来航品系进行选择，通过测交和个体选育，筛选目标群体，然后通过分子生物技术分析引起后代出现红羽的遗传原因，培育商品代羽色自别配套系。 针对目前在农大3号配套系，商品代雏鸡利用羽速自别雌雄的现状，生产中发现母雏中有一定比例的“红”羽雏鸡，而公雏则全部为白羽。经过对配套系中母系的选育，证明实现矮小型粉壳蛋鸡商品代雏鸡的羽色自别是可能的。未经选育时商品代母雏中出现红羽母雏的比例为6．6％，公雏全部为白羽。经过一个世代的定向选育，商品代红羽母雏占全部母雏的比例达到了27．7％。通过分子生物技术分析，选育的自来航母系群体未发现野生型的PMEL17基因，也就是说群体都是显性白个体，说明后代出现红斑的原因不是因为i基因的存在从而使得后代中s基因表达出金色羽。但通过选育母系能够增加商品代母雏中的“红”羽个体，预计经过多个世代的选育，矮小粉壳蛋鸡能够实现羽色自别。