拟南芥Dicer Like1蛋白C端双链RNA结合结构域在microRNA加工过程中的功能研究

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真核生物中,长度约为21-24nt的非编码小RNA作为一类重要的调控因子参与了很多生物学过程,其中包括基因组结构的稳定性,发育进程的调控,抵御病菌和病毒侵染等。这些小分子RNA通过识别特异的序列,利用RNA沉默机制在转录或转录后水平调节靶DNA或者RNA的功能。拟南芥中RNaseⅢ-like酶DICER-LIKE1(DCL1)在其相对应的双链RNA结合蛋白Hyponastic Leaves1(HYL1)的帮助下对前体miRNA(pri-miRNA)进行剪切,从而产生成熟的miRNA。DCL1蛋白在其C端含有两个双链RNA结合结构域,而HYL1蛋白在其N端含有两个双链RNA结合结构域。前人的研究表明这些双链RNA结合结构域在miRNA加工和成熟过程中起到了重要的作用;但是这些双链RNA结合结构域的具体功能及其之间的相互关系并不清楚。本研究我们主要关注miRNA加工和成熟过程中DCL1蛋白C端两个双链RNA结合结构域的功能,以及其与HYL1蛋白双链RNA结合结构域间的关系。我们发现hyl1突变体的表型可以被DCL1的两个双链RNA结合结构域(DCL1-D1D2)互补;在一定程度上,DCL1 C端的第二个双链RNA结合结构域(DCL1-D2)也能够回复hyl1突变体的表型,但是第一个双链RNA结合结构域(DCL1-D1)则不能。DCL1-D1D2以及DCL1-D2所免疫沉淀下来的蛋白复合体可以在体外剪切miRNA前体(pri-miRNA),而含有DCL1-D1的蛋白复合体则不能。通过活细胞显微观察我们发现,DCL1-D1弥散分布于细胞核质内,而DCL1-D2和DCL1-D1D2则定位于DCL1,HYL1蛋白共同定位的核剪切小体Dicing bodies中。我们分析DCL1-D1,DCL1-D2的生化功能后发现,DCL1-D2介导了蛋白与蛋白之间的相互作用,而DCL1-D1则主要负责与pri-miRNA的结合。通过以上结果,我们发现了DCL1蛋白C端双链RNA结合结构域和HYL1蛋白N端双链RNA结合结构域间的平行关系,提出了一个工作模型:拟南芥的pri-miRNAs通过DCL1,HYL1中功能不同的双链RNA结合结构域被招募到核剪切小体Dicing bodies中,从而被精确地加工成成熟miRNA。
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