羊、鸡和猪胃肠道定植着复杂的微生物群落,它们对动物的健康和生产性能起着重要作用。目前为止相关研究大多数集中在传统的平板培养方法,由于技术局限性,制约了对动物胃肠道菌群的深入认识。本论文研究采用16S rDNA宏基因组测序技术研究羊、鸡和猪胃肠道菌群多样性。第一试验部分,五只十月龄小尾寒羊的10个胃肠道部位(瘤胃、网胃、重瓣胃、皱胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠)为样品,提取其内容物总DNA,通过16S rDNA 454焦磷酸测序和相应的数据分析技术,进行了细菌分类学分析。发现胃,三个最丰富的属是普雷沃氏菌属,未分类毛螺菌科,和丁酸弧菌属。小肠,三个最丰富的属是埃希氏菌属,未分类毛螺菌科,和瘤胃球菌属。大肠,三个最丰富的属是瘤胃球菌属,未分类瘤胃球菌科,和普雷沃氏菌属。生黄瘤胃球菌,溶纤维丁酸弧菌和反刍月形单胞菌是绵羊胃肠道丰度最高的三个种。第二试验部分,十四只42日龄的科宝肉仔鸡的7个胃肠道部位(肌胃、腺胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠和泄殖腔)为样品,提取其内容物总DNA,通过16S rDNA 454焦磷酸测序和相应的数据分析技术,进行了细菌分类学分析。发现乳酸杆菌属是上段肠段和回肠最丰富的属,而未分类毛螺菌科,未分类瘤胃球菌科,未分类互养菌科,拟杆菌属,和瘤胃球菌属是低段肠段最丰富的属。八个乳酸菌菌种被鉴定在鸡胃肠道部位。第三试验部分,此部分目的是调查饲喂凝结芽孢杆菌发酵玉米酒精糟及其可溶物(DDGS)饲料对猪粪便细菌组成和多样性的影响。48只平均初始体重65 kg的杂交育肥猪(杜洛克猪×约克夏猪×长白猪)随机分为两组,饲喂DDGS饲料作为对照组,饲喂凝结芽孢杆菌发酵DDGS饲料作为处理组。于试验0、7、14、21、和28天猪粪便作为样品,提取粪便总DNA,通过16S rDNA 454焦磷酸测序和相应的数据分析技术,发现发酵DDGS饲料组显著提高了育肥猪平均日增重,降低了平均日采食量和料肉比。发酵DDGS饲料提高了猪粪便普雷沃氏菌属,乳酸杆菌属,梭菌属,双歧杆菌属,罗斯氏菌属,和芽孢杆菌属的相对丰度;降低了埃希氏菌属,瘤胃球菌属,小类杆菌属,未分类毛螺菌科,未分类瘤胃球菌科,和未分类肠杆菌科的相对丰度。因此,发酵DDGS饲料改善了肠道微生态,达到了有益作用。第四试验部分,二十只24周龄的杂交育肥猪(杜洛克猪×约克夏猪×长白猪)的7个胃肠道部位(胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、结肠和直肠)为样品,提取其内容物总DNA,通过16S rDNA 454焦磷酸测序和相应的数据分析技术,进行了细菌分类学分析。发现普雷沃氏菌属,未分类毛螺菌科,瘤胃球菌属,未分类瘤胃球菌科和颤螺菌属在大肠的相对丰度高于胃和小肠。未分类消化链球菌科和棒状杆菌属在小肠的相对丰度高于胃和大肠。Shuttleworthia,未分类韦永氏球菌科,和光冈菌属在胃的相对丰度高于小肠和大肠。埃氏巨型球菌和M.multacida是胃中丰度最高的种。P.stercorea,P.copri,丁酸梭菌,生黄瘤胃球菌,和布氏瘤胃球菌在大肠相对丰度显著高于胃和小肠。假双歧杆菌和B.thermacidophilum在小肠相对丰度显著高于胃和大肠。第五试验部分,此部分目的是调查仔猪从出生到断奶后粪便菌群变化情况。16只新生杂交仔猪(杜洛克猪×约克夏猪×长白猪),于试验0(出生)、7、14、21、28(断奶前)和35(断奶后)天猪粪便作为样品,通过16S rDNA 454焦磷酸测序和相应的数据分析技术,发现仔猪粪便从出生到断奶后核心的属包括拟杆菌属,Parabacteroides,普雷沃氏菌属,乳酸杆菌属,未分类毛螺菌科,瘤胃球菌属,颤螺菌属,考拉杆菌属,和脱硫弧菌属。拟杆菌属是仔猪出生粪便最丰富的属,然而随着日龄增加,拟杆菌属比例不断降低,而普雷沃氏菌属不断增加变为断奶后猪粪便最丰富的属。因此,仔猪肠道的发育是一个逐渐、循序渐进的过程。本论文采用宏基因组测序技术系统、全面地阐述了羊、鸡和猪胃肠道菌群多样性,为探讨动物消化机制,研究动物肠道菌群和宿主关系、肠道疾病控制预防、健康养殖以及饲料配方的研制提供技术理论支持。