红鲤是中国极为重要的鱼类育种材料之一，其中兴国红鲤（Cyprinus carpiovar. singuonensis）与荷包红鲤（Cyprinus carpio var. wuyuanensis）的经济价值较大，在养殖生产上发挥着举足轻重的作用。在红鲤的养殖过程中，嗜水气单胞菌（Aeromonas hydrophila）为主要病原菌之一，但目前尚未有控制该细菌性病爆发的有效防制措施。而培育抗病品种，是解决鱼类病害的根本途径。主要组织相容性复合体（Major histocompatibility complex, MHC）的高度多态性及与机体抗病力的相关性，使其可作为遗传分子标记，辅助选择含抗性MHC等位基因的亲鱼来进行抗病育种改良，以培育出高产、抗病力强的品种。本研究既分析兴国红鲤与荷包红鲤的MHC II类α、β基因多态性及其与嗜水气单胞菌抗性的关系，又采用实时定量PCR方法，检测这两个基因在兴国红鲤与荷包红鲤各组织的表达情况，研究结果将为红鲤抗病品种选育提供基础资料。主要结果如下：1.兴国红鲤MHC II类α基因多态性、表达及其与鱼体抗病力关系的分析对41尾感病和22尾抗病兴国红鲤的308个有效克隆进行测序，获得171条不同的MHC II类α基因编码序列，分属26个不同的等位基因，其中Cyca-DXA24－Cyca-DXA36为新发现的13个等位基因。MHC II类α基因片段的长度为624bp，包括第1－4个外显子，分别编码信号肽、α1和α2结构域及连接肽/跨膜区。α1结构域的变异明显大于α2结构域，表现在α1结构域中核苷酸和氨基酸变异位点比例（55.16%和79.76%）明显高于α2结构域的变异位点比例（45.96%和68.42%）。α1结构域的抗原结合位点（PBR）的非同义碱基替换率（dN）与同义碱基替换率（dS）的比值ω（ω=dN/dS）为5.742，远远高于非抗原结合位点（non-PBR）及α2结构域的0.755、0.592，揭示兴国红鲤MHC II类α基因的α1结构域在进化过程中受到正向选择作用。等位基因Cyca-DXA24（P <0.01）与兴国红鲤对嗜水气单胞菌的抗性相关，等位基因Cyca-DXA3（P <0.05）、Cyca-DXA4（P <0.01）、Cyca-DXA6（P <0.05）、Cyca-DXA33（P <0.05）与兴国红鲤对嗜水气单胞菌的易感性相关。荧光定量PCR结果表明，MHC II类α基因在健康兴国红鲤的肾、肝、鳃等10个组织均能普遍表达。人工感染嗜水气单胞菌后，肾、肝、脾3个组织中的MHCII类α基因的表达量均发生了不同程度的变化，表明MHC II类α分子在兴国红鲤的免疫反应中起到重要作用。2.兴国红鲤MHC II类β基因多态性、表达及其与鱼体抗病力关系的分析利用DABF和DABR引物从41尾感病和22尾抗病兴国红鲤的cDNA中扩增出长度为624bp的MHC II类β基因片段。分析291个有效克隆的测序结果，获得150个不同的编码序列，分属33个不同的等位基因，其中Cyca-DAB1*17－Cyca-DAB1*21和Cyca-DAB3*24－Cyca-DAB3*34为新发现的16个等位基因。MHC II类β基因片段包括第1－4个外显子，分别编码信号肽、β1和β2结构域及连接肽/跨膜区。β1结构域的核苷酸、氨基酸变异位点分别为189个（68.48%）和80个（86.96%）；而β2结构域的核苷酸、氨基酸变异位点较少，分别为145个（51.42%）和72个（76.60%），显示β1结构域的变异明显大于β2结构域。β1结构域的PBR、non-PBR及β2结构域的dN与dS的比值ω分别为1.796、0.956、0.740，表明兴国红鲤MHC II类β基因的β1结构域在进化过程中受到正向选择作用。等位基因Cyca-DAB1*17在抗病群体中出现的频率（12.87%）显著高于感病群体中出现的频率（4.74%，P <0.05）。荧光定量PCR分析组织表达发现，在所检测的健康兴国红鲤各组织中，均扩增出MHC II类β基因片段。感染嗜水气单胞菌后，肾、肝、脾3个组织中的MHC II类β基因mRNA水平均发生了不同程度的变化，表明MHCII类β分子在兴国红鲤的免疫反应中起到重要作用。3.荷包红鲤MHC II类α基因多态性、表达及其与鱼体抗病力关系的分析对荷包红鲤24尾感病个体中的111条序列和17尾抗病个体中的85条序列进行分析，获得114条不同的MHC II类α基因编码序列，分属15个不同的等位基因，其中Cyca-DXA18－Cyca-DXA23为新发现的6个等位基因。长度为624bp的MHCII类α基因片段，包括第1－4个外显子，分别编码信号肽、α1和α2结构域及连接肽/跨膜区。α1结构域的变异明显大于α2结构域，表现为长度为252bp的α1结构域有124个核苷酸变异位点（49.21%）和65个氨基酸变异位点（77.38%），而长度为285bp的α2结构域只有97个核苷酸变异位点（34.04%）和51个氨基酸变异位点（53.68%）。α1结构域的PBR、non-PBR及α2结构域的ω值分别为7.167、0.925、0.397，揭示荷包红鲤MHC II类α基因的α1结构域在进化过程中受到正向选择作用。等位基因Cyca-DXA4（P <0.01）、Cyca-DXA5（P <0.01）与荷包红鲤对嗜水气单胞菌的易感性相关，等位基因Cyca-DXA17（P <0.01）、Cyca-DXA18（P <0.01）、Cyca-DXA19（P <0.05）与荷包红鲤对嗜水气单胞菌的易感性相关。荧光定量PCR结果显示，MHC II类α基因在荷包红鲤正常各组织、以及感染嗜水气单胞菌后肾、肝、脾组织中的表达情况，与兴国红鲤的趋势一致。4.荷包红鲤MHC II类β基因多态性、表达及其与鱼体抗病力关系的分析以24尾感病和17尾抗病荷包红鲤的cDNA为模板进行PCR扩增和克隆分析，获得长度为624bp的MHC II类β基因不同编码序列110条，分属17个不同的等位基因，其中Cyca-DAB1*14－Cyca-DAB1*16和Cyca-DAB3*23为新发现的4个等位基因。MHC II类β基因片段包括第14个外显子，分别编码信号肽、β1和β2结构域及连接肽/跨膜区。β1结构域的核苷酸、氨基酸变异位点比例为63.04%和81.52%，β2结构域的分别为47.52%和71.28%。β1结构域的PBR、non-PBR及β2结构域的ω值分别为2.525、0.927、0.735，表明荷包红鲤MHC II类β基因的β1结构域在进化过程中受到正向选择作用。等位基因Cyca-DAB1*07在感病群体中出现的频率（18.26%）显著高于抗病群体中出现的频率（5.00%，P <0.05），等位基因Cyca-DAB3*23在抗病群体中出现的频率（13.75%）显著高于感病群体中出现的频率（5.22%，P <0.05）。荧光定量PCR结果显示，MHC II类β基因在荷包红鲤正常各组织、以及感染嗜水气单胞菌后肾、肝、脾组织中的表达情况，也与兴国红鲤的趋势一致。