HIV-l CRF01_ AE是亚洲最主要的流行重组型，它和CRF07_ BC，CRF08_ BC和B亚型是中国最主要的四种HIV-1亚型。由于CRF01_AE与其他亚型的共流行，亚洲各国出现了多种新兴的重组型病毒。CRF01_AE无论在过去还是未来都将影响着HIV-1在亚洲流行的走势和多样性格局的出现。近些年国内多个省市的HIV-1流行病学调查结果显示CRF01_AE逐渐成为当地最主要的流行毒株，并表现出复杂的遗传特征。然而，关于CRF01_AE进入中国后的发展动态，为了适应中国人群而进行的一系列适应性进化信息却无从而知。　　我们首先从早期HIV-1 CRF01_AE进入中国的门户省份广西省入手，对其进行HIV-1亚型和CRF01_AE基因特征研究。根据对349份HIV-1阳性患者的血浆中提取的gag，pol和部分env基因片段的序列进行HIV-1基因型的分析结果如下:CRF01_AE66.5％, CRF08_BC19.2％, CRF07_BC7.2％, URF4.6％, subtypeB1.7％和subtype B0.9％。CRF01_AE是广西省所有地区和危险人群中最主要的流行重组型，且在广西省存在多个CRF01 AE毒株传入源。我们发现一个不同于其他CRF01_AE毒株的独特单系进化簇，将其命名为CRF01 AE-v。CRF01_AE-v在异性性传播何静脉吸毒人群中流行，占了CRF01_AE毒株的39.7％。它在广西省人群中显示出了选择优势，和其他CRF01_AE毒株相比，形成了自己特有的基因特点。我们的结果显示CRF01_AE-v是CRF01_AE的变异株，它可能会引起广西省新的流行。　　贵州省衔接广西，云南两个边境省份和湖南省这一中部省份，在HIV-1的传播上占据重要的位置，检测该地的HIV-1的流行十分重要。在贵州省铜仁市采集78份HIV-1阳性血浆，通过对gag，部分pol和env基因片段的扩增和系统进化，重组和贝叶斯分子钟分析。进化和重组分析结果显示在异性性传播和静脉吸毒人群中流行的CRF01_AE毒株占了85.9％，然后是B5.1％，CRF07_ BC3.8％，CRF08_ BC3.8％和B1.3％。98.5％的CRF01_AE毒株属于之前在广西省发现的CRF01_AE-v。在贵州铜仁市观察到的几个CRF01_AE-v亚簇为广西省的CRF01_AE-v毒株在二十一世纪早期多次传入贵州铜仁市后流行形成的结果。贵州省东部大量CRF01_AE的流行可能会起桥梁作用将这种毒株传入中国中部。本研究为理解HIV-1在贵州省的流行提供了新的视点，也让中国CRF01 AE的进化史更加完整。　　为了了解全国CRF01_AE毒株的地区和人群分布以及其在中国近二十年间的适应性进化，我们收集了Los Alamos HIV Database中所有的中国CRF01_ AE毒株序列和足够的国外CRF01_AE毒株用于分析。首先通过系统进化树分析发现中国CRF01_AE毒株主要有四个大的亚系，几个小亚系以及散在的毒株。四个亚系的地理分布和人群分布均有其特点。经过系统动态和地理发生学的计算，四个亚系的毒株都是在二十世纪九十年代初期进入中国，其中亚系一可能直接来自越南，而其他三个亚系则与泰国关系更为紧密。四个亚系的毒株在进化中均受到正选择压力，这些受到正选择的膜区位点基本上都对应着免疫表位。更为重要的是四个亚系的毒株的膜区均具有其特征性氨基酸模式。我们发现这些亚系的特征性氨基酸基本上来自祖先氨基酸，只有极少数是在正选择作用下突变形成的。在近二十年间，四个亚系的毒株和祖先毒株相比发生了少量的变化，说明宿主的免疫作用对于毒株的进化确实存在影响但弱于奠基者效应。　　近期亚洲出现CRF01_AE和其他亚型毒株形成的二代流行重组毒株的大量报道，我们对亚洲乃至全球的流行性重组毒株（CRF）进行分析探讨，发现近几年发现的CRF并没有引起地区流行，由于HIV CRF命名的低门槛造成了人们对CRF的放大估计，我们对此提出了有建设性的意见。　　我们的研究为目前为止对中国CRF01_AE毒株最详尽的分析，不仅详细描述了中国CRF01_AE各亚系的分布现状，并探讨了宿主免疫选择，奠基者效应对CRF01_AE毒株进化的影响，为AIDS疫苗设计和药物研制提供参考数据。