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目的:探索与肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,cc RCC)发生发展相关的关键基因及信号通路,从而寻找cc RCC生物标志物及可能的治疗靶点;选择关键基因ALDH6A1,通过免疫组化验证其在cc RCC与正常肾组织中的差异表达并分析其具有的临床意义。方法:利用R语言整合分析四组基因表达谱数据,从中筛选差异表达基因(differential expression genes,DEGs);运用DAVID和KOBAS数据库对DEGs进行功能注释和通路富集分析;通过STRING数据库构建基因相关的PPI网络,使用Cytoscape软件对PPI网络进行可视化;利用MCODE插件从PPI网络中筛选基因功能模块并分析其涉及的功能及通路;通过Cyto Hubba插件筛选功能模块中的关键基因,在GEPIA数据库中验证DEGs的差异表达并分析其与患者生存预后的关系;选择关键基因ALDH6A1,通过免疫组化验证其在cc RCC中的表达情况,并分析ALDH6A1表达水平、患者临床病理特征及总生存期(overall survival,OS)之间的关系。结果:(1)四个数据集中共筛选出333个共同DEGs,它们涉及的通路共有32条,其中富集最显著的通路为代谢通路;在PPI网络中筛选出了3个主要的基因功能模块,它们主要涉及的通路分别为p53信号通路、趋化因子信号通路、代谢通路;(2)功能模块中筛选出9个关键基因,其中的FOXM1、CEP55、KIF20A、SORD、ALDH6A1五个关键基因的m RNA的表达水平与患者的的总生存率(overall survival,OS)和无病生存率(disease free survival,DFS)相关,其中ALDH6A1高表达组与低表达组的生存差异最显著;(3)免疫组化结果分析显示ALDH6A1蛋白在cc RCC组织中的表达低于正常肾组织,ALDH6A1的表达水平与肿瘤的组织学分级、临床分期相关,在病理级别G1/G2级的cc RCC患者中,高ALDH6A1 m RNA水平患者的预后较好,同样的趋势存在于高级别(G3/G4)以及早期(Ⅰ/Ⅱ)、晚期(Ⅲ/Ⅳ)患者中。结论:通过生物信息学分析,我们发现代谢途径的异常在cc RCC的发生过程中起着重要的作用,需要引起我们的重视;而筛选所得关键基因为我们寻找新的生物标志物及治疗靶点提供了参考,其中ALDH6A1在cc RCC中表达下调,能够作为cc RCC的临床预后因子,可能在cc RCC的发生发展中起重要作用。