DNA多位点同步酶切介导的大片段基因重组系统及多DSB修复机制研究

来源 :天津科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ahhfwwzy
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
基于医药及生物工程等领域对基因改造的需求,开发高效稳定的基因编辑技术一直是基础及应用生物学的研究热点。当前,小片段外源基因的转入在大多数物种中均可实现,但大片段的转入仍存在一定的困难。鉴于DNA双链断裂(DSB)的产生可以大幅提升靶点处的同源重组效率,本研究尝试在酵母中通过定向诱导多个DSB的产生,实现大片段基因的重组整合,并研究多个DSB同时存在时,其空间距离,相对位置对DNA重组效率的影响及其分子机制。为促进大片段外源基因的稳定转入,本研究构建并优化了 I-SceⅠ内切酶介导的DSB诱导及重组系统。首先,通过引入以I-SceⅠ为核心的GIM基因表达盒,设计构建了单DSB及间距可调节的不同间距双DSBs模型菌株。本课题最初推测当两个DSB同步产生且间隔较近时,双DSB中间的序列会发生掉落,从而有利于大片段外源基因的整合,但研究发现即使DSB之间的距离很短也不会引起其中间的序列的掉落。除此之外,本研究发现双DSB中上游DSB处的转化效率较下游出现明显提升,且双DSB之间的距离越近,其转化效率的提升越为显著。通过引入外源基因,证明该模型可成功表达目的蛋白,具有一定的实际应用潜力。在此基础上,本研究发现双DSBs之间的距离越短,其修复难度及对细胞的致死性增加。从该现象入手,通过敏感性实验和RT-PCR等技术,系统性筛查了 HR和NHEJ修复途径中的各关键基因,在单DSB及不同间距双DSBs菌株中对DNA修复的影响。结果表明,当DSB间距小于1000 bp时,细胞的生长被抑制,而其间距大于1000 bp时,菌株生长无明显变化,表明间距较近的双DSB对彼此的修复产生影响。然而,敲除HR通路中的关键基因RAD51后,双DSB间距2000 bp的菌株敏感性增强,而4000 bp的菌株仍与野生型相近,说明双DSBs间距较近时,双DSBs菌株较单DSB菌株,其修复更依赖于同源重组。进一步敲除了参与DSB修复和重组关键步骤resection的关键基因MRE11,RAD50,XRS2,尽管三者结合在一起形成MRX复合物共同作用,但结果表明在双DSB间距较远时,MRE11基因的缺失对修复仍存在明显影响,揭示了其更深层的重组及修复机制。综上所述,本文通过诱导表达I-SceⅠ内切酶,在酵母同一染色体上定向同步产生多个DSB位点,尝试构建可介导大片段外源基因整合重组的酵母基因编辑系统。此外,以之为模型研究了多DSB的空间相对位置对彼此修复及重组效率的影响。为进一步优化并应用该重组模型,探究双DSBs的修复机制提供了重要的理论依据。
其他文献
小核菌多糖(scleroglucan)是由小核菌属产生的胞外多糖,由于其良好的增稠和保湿特性而广泛应用于石油、化工、食品等领域。本文利用实验室保藏的菌株Sclerotium rolfsii(SMR-1046),研究发现影响多糖产量的几种关键蛋白。为后期通过调控涉及多糖合成的关键基因水平来改善胞外多糖的特性提供理论依据。同时优化了发酵工艺,以提高原料的利用率,减少浪费和工业生产造成环境污染,进而为该
学位
流感是一种急性、快速传播的呼吸道疾病,对全球健康构成巨大威胁,给经济造成巨大负担。存在于病毒颗粒表面的血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)是病毒侵染宿主细胞的两个重要蛋白,其中HA与宿主细胞表面糖蛋白和糖脂的末端唾液酸残基结合,促进细胞进入和融合,而NA裂解唾液酸残基,主要催化宿主细胞末端唾液酸(SA)残基的α-糖苷键,进而在被感染的宿主细胞中组装后释放子代病毒,促进感染的传播。扎那米韦(ZA)和奥
学位
Thomsen-Friedenreich(TF)抗原一种典型的肿瘤相关糖抗原(tumor associated carbohydrate antigens,TACAs),其在乳腺癌、胰腺癌等大多数癌症细胞表面大量存在,并成为标志物。TF抗原在激活免疫系统中起到重要作用,经常被用到肿瘤免疫治疗中。疫苗使用过程中,为了激活、或增强机体的免疫系统,经常需要加入佐剂,与抗原配伍免疫机体,起到增强疫苗免疫效
学位
枸杞(Lycium barbarum L.)是我国首批公布的药食同源的中药材之一,因枸杞营养独特的性质使其具有较高的市场价值,是目前功能性食品开发的重要资源。但是枸杞资源转化途径较为单一,其深加工不足。近年来,精酿啤酒市场深受广大消费者的欢迎,枸杞药理作用也获得研究者们的广泛关注,基于上述,本文将结合枸杞的药用价值开发枸杞精酿啤酒。本研究通过十三种活性干酵母进行对比酿造实验,检测成品啤酒的酒精度、
学位
香树脂醇是一种三萜类植物天然产物,目前已被证明具有消炎、抗菌、抗病毒和抗肿瘤等多种药理活性,因此市场需求量日益增大。从植物中直接提取香树脂醇具有生长周期长、资源匮乏、含量低和破坏生态等缺点,而香树脂醇的化学合成又会大量消耗化石燃料、造成温室气体排放和环境污染。由于以上种种原因,导致其价格昂贵且无法满足市场需求。近年来,代谢工程与合成生物学迅猛发展,这使得利用微生物细胞工厂异源合成香树脂醇等各类植物
学位
为研究液化天然气(liquefied natural gas,LNG)站和燃机电厂的冷热能综合利用,本文提出电厂利用LNG站冷排水、LNG站利用电厂温排水的方案并进行经济性分析。该方案可增加电厂发电收益、节约LNG站运行成本、降低工程总体造价,同时又减少对海域环境的冷、温排水及二氧化碳排放,具有显著的经济效益和社会效益。
期刊
1929年由故宫博物院主办的《故宫周刊》创刊发行,这是民国时期故宫出版刊物中社会影响最大、刊期最长的文物刊物,也是故宫博物院的第一份艺术类刊物,在故宫出版史乃至中国出版史上影响深远。该刊刊登了大量宫廷史料文献,包含青铜器、古玩、书画等,涉及宫廷生活的方方面面。其中演剧文献亦占不小比例,如戏台、戏衣、切末,全本《鼎峙春秋》、已散轶流失的《画兰》剧本等。本文对《故宫周刊》中的演剧文献进行系统梳理和初步
期刊
羟基自由基是活性氧簇(ROS)中最活跃的物种,在生物体内,活性氧(ROS)可以造成许多形式的DNA损伤,这些损伤会引起DNA结构和功能的改变,从而使DNA中遗传信息的稳定性受到不同程度的破坏,具有诱发肿瘤的潜在危害。近年来研究发现,在含有二氧化碳溶液体系中,人们检测到大量存在的是碳酸根阴离子自由基(?CO3-),羟基自由基如何转化为碳酸根自由基,以及碳酸根自由基是否也像羟基自由基与DNA中主要结构
学位
尿嘧啶是生物体中参与RNA合成的重要活性物质,编码生物所需的蛋白质序列信息,也是精细化工、农药和医药的重要中间体,具有广泛的应用。当今合成尿嘧啶的方式主要为化学方法合成,在合成过程中会使用到强碱和有机溶剂,产生难以处理的废水,对环境造成一定的危害。为此,本研究通过生物转化的方法将底物尿苷转化为尿嘧啶,减少化学方法对环境的危害。本文以E.coli BL21(DE3)作为嘧啶核糖核苷水解酶(Pyrim
学位
11α,17α-双羟基黄体酮是甾体激素类药物生产过程中重要的中间体,市场需求旺盛,目前工业上多用赭曲霉转化17α-羟基黄体酮获得。但赭曲霉在转化后期存在色素积累问题,这导致11α,17α-双羟基黄体酮分离提取的成本增加。为此,论文采用合成生物学的思想,在酵母细胞中表达不同来源的C11α羟化酶,通过底物转化实验筛选出最适配的C11α羟化酶。然后借助结构预测、分子对接和定点突变等手段解析了11α羟化酶
学位