从“三河”流域水环境现状看，中国流域跨省界水污染问题已相当严重，产生了巨大的经济和社会危害，各种触目惊心的跨界水污染事故不断见诸报端，引起了强烈的社会反响，已成为了一个影响行政区边界的社会稳定、人民生命健康与财产安全的迫切需要解决的现实问题。　　 论文结合国外跨界水环境管理经验，研究了当前中国跨界水环境管理存在的问题，研究表明中国跨界水环境管理在体制上存在不协调、制度上存在不完善、法律上存在不健全等问题。在此基础上，结合当前中国地方政府的现实环境保护行为特征，构建流域跨界水污染治理过程中地方政府在个体理性支配下同整体理性进行博弈的分析框架，探究了地方政府之间的竞争对跨界水污染治理方面的影响。分析表明：中国跨界水污染纠纷问题没有得到有效遏制，原因即在于现行体制未能实现行政区域间的污染治理激励相容，未考虑到各区域和地方政府的理性动机，地方政府基于自身利益最大化的行为会使得向跨界河流排污过度和治污投入不足，带来类似“囚徒困境”的水环境污染问题。为了使得跨界河流水污染问题得到有效解决，针对地方政府过度依赖中央补贴建设污水处理设施的问题，中央政府应明确中央与地方政府在跨界水污染治理上的事权，并且明确中央政府在地方污水处理设施建设中的投资比例；针对地方政府的过度排污和治理投入不足的问题，中央政府应通过激励相容手段(补贴、征收水资源税和排污费)和约束机制(区域限批)来影响地方政府之间的水环境容量资源利用冲突，避免地方政府在跨界水污染治理方面采取竞争策略，引导地方政府在跨界水污染治理方面采取合作行为。　　 由于地方政府之间没有领导与被领导的关系，所以地方政府的合作需要建立一种有效的激励和约束机制来保证。论文针对当前地方政府合作治理流域跨界水污染存在的问题及困境进行了阐述，结合地方政府间合作形成的内在条件，找出影响地方政府决定合作治理跨界水污染的因素，分析地方政府合作的模式以及中央政府在地方政府合作治理跨界水污染中的作用，然后从制度环境、组织安排和合作规则全方位着手，设计了一套具有激励约束机制(生态补偿和水污染经济赔偿)、制度化的组织、完善的法律保障的制度安排来引导、规约具有自身利益考虑的地方政府实现相互协调、相互合作，减少地方保护行为造成的相互间的摩擦阻力(即交易成本)，从而使地方政府间的合作治理跨界水污染活动走向规范化、法治化、制度化的道路。