福建省是海西经济区的主体,是海西经济建设的中坚力量。制造业对福建省经济发展和建设海峡西岸经济区的重要性是不容小觑。目前制造业所取得的快速发展主要依托低成本的竞争优势,这种模式使我们在资源环境等方面付出不小的代价,而且我们的成本优势也正在逐渐消失,如果无法加快推进技术创新的步伐,充分发挥技术创新的引领作用,推动对制造业的可持续发展,那么制造业在未来的发展中将日益丧失竞争力。因此制造业的可持续发展需要不断重视技术创新。然而,是不是技术创新资源投入得越多,制造业就发展得越好呢?我们必须明白制造业的资源是有限的,所以技术创新资源的投入不可能无限多,而且创新资源投入量的多少不一定与制造业竞争力的大小呈正相关的关系,技术创新效率发挥着更为重要的作用。因此制造业要想取得持续的发展,在加大创新资源投入的基础上,更应该关注如何有效地提升技术创新效率水平。本文基于制造业及技术创新效率的相关理论,从过程的角度,将制造业技术创新活动划分为技术研究与开发、技术应用以及环境污染治理三个阶段,进而根据上述三个阶段,技术创新效率将被分解为技术研究与开发效率、技术应用效率以及环境污染治理效率。然后,依据各个阶段的投入要素和产出要素的特征,从人力、财力、物力等方面综合考虑每个阶段相应的指标,并根据指标的属性区分期望指标和非期望指标,与此同时运用灰色关联分析法判断指标的合理性,据此构建出制造业各个阶段的投入产出评价指标体系。在此基础上,本文将两阶段链形系统的DEA效率评价模型进行了拓展,运用虚拟系统法和交叉效率评价方法构建出三阶段链形系统的DEA交叉效率评价模型,并利用熵值法来确定交叉效率矩阵中各决策单元的权重,再通过加权求和法计算最终评价值；最后,基于此模型,本文还结合福建省制造业2005-2012年期间的相关数据,进行了应用研究,分别测算和分析了福建省制造业二十九个行业技术创新的整体交叉效率以及各个阶段的交叉效率,并对非DEA有效行业的改进进行量化分析,在此基础上采取有针对性的策略提高技术创新效率。研究表明,福建省制造业二十九个行业的技术创新效率,无论是整个技术创新系统,还是技术创新系统的各个子阶段,其交叉效率值普遍偏低,具有较大的提升空间。