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本研究以甘南牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛为研究对象，采集牦牛血样341头份，其中甘南牦牛98头份，天祝白牦牛137头份，大通牦牛106头份；采集肉样166份，其中甘南牦牛40头，天祝白牦牛58头，大通牦牛68头。采用PCR-SSCP结合DNA测序技术，对牦牛PRKAG3基因与FAS基因进行单核苷酸多态性检测，并对肉品质相关指标进行了测定，通过对各基因多态位点与肉质性状关联分析，初步研究了牦牛PRKAG3基因与FAS基因多态性对牦牛肉质性状的影响。结果如下:1.肉品质分析结果表明，甘南牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛肉失水率分别为28.34%、28.00%、28.14%，熟肉率分别为66.43%、66.48%、66.63%，pH24值分别5.37、5.36、5.38，品种间均无显著差异（P＞0.05）；剪切力分别为4.85Kg/cm2、4.85Kg/cm2、4.81Kg/cm2，肉脂肪含量分别为1.92%、1.90%、1.98%，天祝白牦牛肉与大通牦牛之间差异显著（P＜0.05）。2. PRKAG3基因多态性分析表明，基因P1位点在第3内含子发现A→G突变，检测到AA、AB两种基因型。等位基因A在甘南牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛的基因频率分别为0.91、0.84、0.92，均属于中度多态。P4位点在第9内含子发现G→A突变，检测到PP、PQ两种基因型，等位基因P在甘南牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛的基因频率分别为0.76、0.78、0.90，该位点天祝白牦牛、甘南牦牛为中度多态，大通牦牛为低度多态。3. FAS基因多态性分析表明，F3B位点在第3内含子发现C→T突变，检测到MM、MN、NN三种基因型，等位基因M在甘南牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛的基因频率分别为0.56、0.51、0.58，均属于中度多态。F34B位点在第34外显子发现A→G突变，检测到HH、HG、GG三种基因型，等位基因H在甘南牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛的基因频率分别为0.49、0.55、0.51，均属于中度多态。F35位点在第36外显子发现T→A突变，检测到EE、EF两种基因型，等位基因E在甘南牦牛、天祝白牦牛、大通牦牛的基因频率分别为0.90、0.91、0.84，均属于低度多态。4. PRKAG3基因关联性分析表明， P1位点AA基因型个体的失水率显著高于AB基因型个体（P＜0.05），PH24值显著低于AB基因型个体（P＜0.05）。P4位点PQ基因型个体的失水率显著高于PP基因型个体（P＜0.05）。而熟肉率、PH24值、剪切力值和脂肪含量指标，PP型和PQ型差异不显著（P＞0.05）。5. FAS基因关联性分析表明，F3B位点NN基因型的脂肪含量显著低于MM基因型和MN基因型（P＜0.05）。各基因型的失水率、熟肉率、pH24、剪切力值均无显著差异（P＞0.05）。在F34B位点GG基因型的失水率和熟肉率均显著高于HH基因型和HG基因型（P＜0.05），HG基因型的脂肪含量显著低于HH基因型和GG基因型（P＜0.05），各基因型在pH24与剪切力性状上表现为差异不显著（P＞0.05）。在F35位点两种基因型在失水率、熟肉率和剪切力性状无显著差异（P＞0.05），EE基因型个体的pH24显著低于EF基因型（P＜0.05），EE基因型个体的脂肪含量显著高于EF基因型（P＜0.05）。