疾病自古有之,传染病则危害更盛,其大规模流行而导致的危害是为疫灾。明代277年中,福建省至少有79个疫灾年份,疫灾频度为28.5%。疫灾波及53个县,占明代福建省总县数(58个)的91.38%,共发生109次疫灾,累计受灾县数243个。其季节分布以秋冬季略多、春夏季略少,呈现均匀性的特点。明代中期正德朝、成化朝和嘉靖朝疫灾多发,后期崇祯朝和万历朝次之,前期发生频率最低。整体而言,明代福建的疫灾频度呈缓慢的周期性波动上升趋势。疫灾频度趋势线呈现为“N”形,有两个周期,第一个周期(1370～1609)贯穿明朝大部分时间,尤其明朝中期1470～1560年的90年之间,疫灾年份占到明代福建全部疫灾之年的比重高达59.04%。第二个周期则从1610年延续到清朝。明代福建省疫灾的空间分布不均衡,疫灾主要发生在北部地区,且北部东西两侧又比中部严重,疫灾高发地区为建宁县、福清县一线以北,尤以闽北西部和闽东沿海一带为最。福建沿海疫灾多发的为位于南北两端的漳州府、福宁州和福州府,沿海中部为疫灾低发区；闽北则以邵武府、建宁府和延平府疫灾多发。邵武县、福宁州(州治)、长乐县、古田县、光泽县等疫灾频率最大,疫灾年数均大于10,正德、嘉靖、成化、永乐、万历5朝疫灾县数最多。疫灾重心分布在尤溪县和德化县,邻近福建地理几何中心,疫灾重心变迁趋势呈现为“7”字形,与人口迁移和区域开发过程相一致。热点主要分布于福建北部东西两侧邵武、福州、福宁州3府,冷点主要分布在福建南部泉州府永春县和汀州府上杭、永定2县,其余为过渡地带。疫灾时空分布规律的形成与明代气候变迁、福建省区域环境特征和自然灾害有着密切关系。福建省多山的地形、炎热的气候、茂密的森林、密布的水系、繁多的生物种群等自然环境因素,以及人口的增长和迁移、水陆交通的贯通、粮食的匮乏、社会的动乱和迷信的风俗习惯等社会因素,为疫灾的发生提供了孕灾环境、媒介和受众,促成了疫灾在特定时空范围的发生和传播。在气候变迁上,明代福建十年疫灾指数与十年寒冬指数呈负相关,表明气候越寒冷,疫灾越频繁。气温的高低变化导致了疫灾的周期性波动,低温冻害严重的地区,疫灾也较为频繁。而寒冬年数的增加使得冬季疫灾多发,疫灾季节分布呈现均匀性的特点。在自然灾害上,明代福建主要有水灾、旱灾、地震和风灾,自然灾害与疫灾在时空分布上有较高程度的耦合,相关系数达0.541,表明两者之间存在一定的因果关系。