在一个既定的理论框架和预设前提下，本文遵循比较优势理论和产业转移理论提供的逻辑基础，对两岸经济一体化取向下“台湾与大陆西部经济合作”问题进行了研究。两岸经济合作在贸易、投资、产业转移、区域布局等领域都呈现出了明显的一体化目标取向。在功能性经济一体化实现后其目标取向就成为制度性经济一体化。而三通基本实现则促使两岸经济一体化的条件发生明显转化，大陆内部区域经济关系和台湾产业的转型升级将构成两岸制度性经济一体化运行的内在经济条件。从上述理论认识出发，本文从台湾主导产业转换与国际产业分工地位的变迁、新世纪台湾经济困境的形成、台湾经济纾困过程中大陆的作用、大陆内部区域经济关系改善中台(外)资产业的作用、国际产业分工体系下中国大陆的地位与国内区域产业定位等方面分别探讨了台湾经济的发展与转型、大陆内部区域经济关系的形成机理与发展走向。通过分析，基本从宏观上说明了台湾与大陆西部区域经济合作所具有的必要性和必然性。理论上说，西部开发战略的实施将成为台资在大陆内部西进的重要契机，但一个不争的事实是“西部开发中台资缺位”现象的真实存在。就此，本文考察了西部开发前后两阶段西部综合区位优势与台商投资的关联性，认为，台资在西部阶段性缺位后呈现的将是较长时期的大规模投资浪潮，投资主体将是先期投资东部的劳动密集型制造业，也不排除可与西部特定区域、特定资源特色产生对接的高技术产业。基于此，本文在对该经济合作进行理论界定的基础上，就经济合作中必须处理的一些理论关系做了辨析，廓清了当前存在的一些模糊甚至错误的理论认识，并从多个方面分析了台湾与大陆西部开展经济合作的有利条件与制约因素。同时，分析确定了台湾与大陆西部经济合作应选择的重点产业、重点区域，构建了台湾与大陆西部经济合作的政策实施机制，包括台资产业转移的动力机制、区域间利益协调机制、台资产业转移的成本分担机制、产业选择机制、效益传导机制等。