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狗獾(Meles meles)和猪獾(Arctonyx collaris)均属于食肉目(Carnivora)鼬科(Mustelidae)獾亚科(Melinae)。狗獾属于狗獾属(Meles),猪獾属于猪獾属(Arctonyx)。狗獾与猪獾同为杂食性动物,并且具有相似的食性,但是在狗獾和猪獾的解剖学研究中却发现猪獾有盲肠而狗獾无盲肠,盲肠在杂食性动物中的作用是延长食物在小肠中的滞留时间。基于狗獾和猪獾小肠消化相似食物,但消化时间不同的现象。我们假设它们的小肠发生了适应性分化,希望从狗獾和猪獾的小肠比较转录组分析中找到它们适应性分化的证据,研究得到以下结果:1、通过对三只狗獾和三只猪獾的小肠转录组测序,狗獾样品得到了8.04Gb、7.83Gb、8.05Gb的clean reads;猪獾样品得到了9.02Gb、8.22Gb、8.45Gb的clean reads。分别对狗獾和猪獾样品拼接组装,狗獾样品获得了335772条转录本和285159条unigene;猪獾样品获得了413917条转录本和362075条unigene。2、我们使用七个数据库对unigene进行了注释。对unigene进行GO分类时发现,狗獾和猪獾的unigene涉及消化方面有相同的三个条目;在KEGG分类时发现,狗獾和猪獾在Digestive system亚类中分别有695和611个unigene,涉及9个通路。表明在狗獾和猪獾的小肠中有大量与消化相关的基因被注释到。3、通过对直系同源基因的选择压力分析,可以预测在两物种分化和进化过程中发挥重要作用的基因。经过筛选共得到5227对直系同源基因,包括473对divergent直系同源基因和1263对conserved直系同源基因。4、我们对divergent直系同源基因进行了GO富集分析,结果显示分子功能大类中有八个条目与酶活性有关,这说明狗獾和猪獾小肠中的divergent直系同源基因与这几种酶活性相关;在KEGG富集分析中发现,cAMP和cGMP-PKG信号通路分别被富集到6个和8个基因。cAMP和cGMP-PKG信号通路影响小肠分泌和食物的转运,表明狗獾和猪獾小肠中的divergent直系同源基因与小肠的分泌和食物转运相关;Hippo信号通路富集到五个基因,小肠吸收营养物质的能力与其体积大小密切相关。Hippo信号通路可以调控器官体积大小,且富集到的五个基因分别与细胞的分裂、分化及生物体生长发育相关,表明狗獾和猪獾小肠中的divergent直系同源基因与器官体积大小的调控相关。综上所述,狗獾和猪獾的小肠中的divergent直系同源基因与多种酶活性、小肠的分泌和食物转运以及小肠体积大小的调控相关,推测它们的小肠在这些方面可能发生了适应性分化。