随着人类基因组计划和一些生物全基因组序列测定的完成，微阵列技术飞速发展，基因芯片以其高通量、微型化和自动化等优点成为医学基因诊断的重要工具。芯片探针的设计和筛选是制备高质量基因芯片关键步骤之一。随着生物信息学技术与方法研究的不断深入，为探针的设计提供了有效的途径，目前，已有不少针对DNA的探针设计软件被开发出来，显示出各自的优势和局限性。肽核酸(PNA)作为DNA的类似物，已在芯片领域显示出其重要性，但现在还没有专门针对PNA的探针设计软件。本论文根据PNA分子与核酸分子的物化性质的差异，结合参考传统核酸探针筛选的三个基本标准:特异性、敏感性和熔点(Tm)，提出了一种设计PNA芯片探针的方法，主要内容如下。　　论文着重探索了探针的特异性选择部分，使用后缀数组与MAFFT(multiple sequence alignment based on fast Fourier transform)方法相结合，检测并覆盖靶标的串联重复部分。本文还根据PNA探针的特性制定了探针筛选标准，包括用专门的PNA探针解链温度公式来进行计算Tm值，采用限制连续的嘌呤个数来克服PNA探针的自身聚集现象，等等方法。在此基础上，获得合格的芯片探针集。　　以Microsoft Visual Studio2010为开发平台，C＃为开发语言，结合上述的算法，得到一个界面友好的PNA芯片探针设计系统，用户可以依据设计需要调整探针设计参数，可以在窗口中查看筛选结果，还可以将结果文件保存下来，进行查看和分析。模拟实验以人类FRDA基因的启动子和外显子为靶标，利用该程序获得一组有效的探针，并通过手动方法对部分所获探针进行逐条分析，验证了该程序的可靠性。