石莼科绿藻大量增殖形成的绿潮以及已成为全球常态发生的生态现象之一，自2007年以来已成为我国黄海海域的预发事件之一，其大规模增殖爆发的原因和机制仍亟待解决，因此，本研究采用EST-SSR分子标记技术对中国南黄海石莼科绿藻进行群体结构遗传多样性分析。从8179条石莼科EST序列（新测定6203条浒苔EST序列，GenBank数据库下载1976条石莼科EST序列）中共搜索到238个微卫星位点，设计出37对引物并从中成功筛选出11对扩增效果较好的引物，选用石莼属的石莼、孔石莼、裂片石莼、砺菜、缘管浒苔和浒苔共6个物种进行了通用性分析，其中有6对引物均有扩增产物，平均扩增位点4.67个，表现出良好物种间可转移使用能力；利用这11对引物对南黄海浒苔69份近岸样品和13份海上漂浮样品进行分析，平均扩增位点数目6.45个，多态性位点比例是92.96%，各个群体之间的遗传距离为0.0167-0.2177之间，平均遗传距离是0.1136。所有样品之间总体水平的香农多样性指数（I）和遗传多样性指数（H）分别是I=0.2742和H=0.1610。UPGMA聚类分析结果表明：所用SSR标记引物的扩增产物能将所有82份样品能够明显的区分开来，来自同一采样地的样品大多数都能够按照各自所在群体聚为一支，群体聚类分析结果也表明来自相近地理位置的不同群体之间具有较近的亲缘关系，显示出良好的地理相关性。其中12份漂浮样品区别于其它近岸样品独自聚为一支（HT-001-02除外）。通过分析不同断面的13份漂浮浒苔样品，证实了其在遗传结构上存在着与采样站位所处断面以及采样时间的相关性，推测漂浮浒苔在海上进行营养增殖并且存在一个聚集再分散的过程，可根据样品间的遗传相似性推断出其在海上漂移路径。龙须菜（Gracilariopsis lemaneiformis）是红藻门江蓠科龙须菜属海藻，是重要的大型产胶海洋红藻，具有重要的经济价值，在食用、提取琼胶和作为鲍鱼饵料等方面被广泛利用。本研究首次测定了龙须菜的线粒体基因组全序列，其线粒体DNA为双链环状结构，序列长度为25883bp，A+T含量72.5%，编码46个基因，其中24个蛋白编码基因，2个核糖体RNA基因（rRNA），20个转运RNA基因（tRNA）。基因在两条链上沿相反方向编码，表明具有两个不同的转录单元，并且与之前报道的江蓠科线粒体基因组比较，基因和序列之间都具有很好的共线性关系。在龙须菜线粒体atp6和secY基因间隔区还发现了一段含有多聚A和T的稳定的茎环结构，该结构是一段长126bp的反向重复序列，可能是线粒体基因组的复制起始位点，该结构在江蓠科物种线粒体基因组中首次发现，该茎环结构可能与线粒体基因组的转录和复制有关。研究发现，龙须菜与4种已报道的真红藻纲线粒体基因组比较具有很强的保守性，基因数目和排列方式几乎完全一致，其中在基因nad6和sdhB之间插入一个未知的ORF（orf60），是龙须菜较其它红藻线粒体基因组所特有的。联合19个线粒体蛋白编码基因和rRNA基因对红藻门7个物种的系统进化分析结果显示：原红藻纲的Cyanidioschyzonmerolae和红绵纲的紫红紫菜（Porphyra purpurea）单独成为一支，同属于真红藻纲的另外5个物种聚在一起。其中江蓠科内部，龙须菜属的Gracilariopsisandersonii优先和蓠生藻属的无管蓠生藻（Gracilariophila oryzoides）聚为一支，再和龙须菜（Gracilariopsis lemaneiformis）聚类，可能是由于Gracilariopsisandersonii和Gracilariophila oryzoides之间是寄生关系，两者内部产生一定的遗传物质交换，导致两个不同属物种之间的线粒体基因组的差异小于同为龙须菜属物种间的差异。