【摘 要】
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肝癌是人类常见的肿瘤之一,具有高度异质性。随着目前微阵列技术的突破,基因表达谱研究被广泛应用于深入探讨肝癌的发病机制。但是现有研究在差异表达基因的识别和富集通路的
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肝癌是人类常见的肿瘤之一,具有高度异质性。随着目前微阵列技术的突破,基因表达谱研究被广泛应用于深入探讨肝癌的发病机制。但是现有研究在差异表达基因的识别和富集通路的发现方面仍然缺乏一致性。为了整合已有的肝癌表达谱的研究,发现潜在的肝癌相关的差异表达基因,并提供快捷的基因集富集结果的搜索工具。本研究在GEO数据库(Gene Expression Ominbus,GEO)和TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库中进行针对肝癌的系统检索,整理并整合检索结果,并利用R语言的shiny框架建立一个交互网页来分享对应的信息,建立了开放的HCC_DEGs数据库,包含了8个GEO基因表达数据集,包括1691个人类样本(878个病例和813个对照),以及1个TCGA数据集,包括402个人类样本(353个病例和49个对照),可进行2种基因集富集分析(GSEA和Fisher’s精确概率法,也包含了肝癌相关的13,212个差异表达基因的meta分析结果,以及每个数据集中基因集合富集的相关信息。HCC-DEGs数据库可以通过https://databases.shinyapps.io/hccdeg/链接使用,其中所有的数据都可以免费获取。
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