目前很多植物的基因组被测序完成或正在被测序，为植物抗病基因的进化研究分析提供了丰富的数据资源。本文利用生物信息学方法从水稻基因组中NBS—LRR基因进行鉴别和分类，利用PAML和GENECONV程序分别进行正选择替代和基因转换分析。 结果显示，在19个组(包含89个NBS—LRR基因)中检测出了显著的正选择替换位点，且约有60％正选择位点位于LRR区域；56个基因至少参与了一次基因转换事件。研究还表明，基因转换、正选择以及基因簇之间存在明显的相关性。在84％的参与基因转换的基因中都能检测出正选择位点，且至少有84％的发生基因转换或正选择的基因都位于基因簇中。这些结果为新功能抗病基因性基因的筛选、提高抗病育种效率等提供了可靠的依据。 富含亮氨酸重复(LRRs)广泛存在于植物抗病基因中，由多重复的LRR单体组成。虽然我们知道LRRs在决定抗病基因产物识别特异性方面起重要作用，但是对于单个LRR之间的功能差异还所知甚少。本文对来自12个功能性抗病基因的单个LRR的核苷酸差异，同义突变率(Ka)和非同义突变率(Ks)进行了分析。 结果显示，单个LRR之间在核苷酸差异以及Ka/Ks都存在显著差异。单体LRR，单体LRR核心结构(xxLxLxx)以及单体LRR核心结构的右边序列中正选择的个数分别占50％，70％和43％，而单体LRR核心结构的左边序列则表现为与非LRRs区域或NBS区域类似的保守进化模式。 研究还表明，检测到正选择的单体LRR核心结构(xxLxLxx)大多数是串联的，且主要分布在NBS—LRR类抗病基因LRRs的C端。正选择在单体LRR中的非均匀分布说明LRRs中只有部分串联的单体LRR对抗病基因产物的识别特异性起决定作用。