黄连木(Pisticia chinensis Bunge)是一个重要的生物质柴油树种,为探讨不同居群间黄连木遗传多样性及地理变化规律,分别对采自河南鸡公山、河北涉县、山东泰安、山西晋城、湖南衡南、湖北秭归、安徽采石矶、江苏无锡、浙江丽水、四川平武、贵州黎平、甘肃舟曲等地区的黄连木进行SSR及ISSR分析,结果表明：1.利用9对SSR引物对13个黄连木天然居群内的232个单株进行微卫星分析,并按照省、经度和纬度计算黄连木遗传距离和聚类分析。结果表明,在232个单株中检测到37个SSR等位位点,期望杂合度(He)为0.5714, Shannon多样性指数(I)为1.0370,平均多态信息含量(PIC)为0.5458,表明黄连木居群具有较高的遗传多样性。聚类分析结果表明,相邻省份、经度、纬度的黄连木区组基本归为同一类群,说明黄连木的遗传关系与地理位置有着密切的相关性,并且遗传距离按经纬度划分较省份划分更具规律性,本研究为黄连木种质资源的选优及育种提供参考依据。2.从100条ISSR引物中筛选出9对适用于黄连木扩增的引物,且扩增产物多态性高、扩增条带清晰。建立和优化了黄连木ISSR-PCR反应的技术体系。结果表明,有效等位基因数(Ne)为1.0393, Shannon多样性指数I为0.0902, Nei’s基因多样性(h)为0.0372。聚类分析结果表明,相邻省份的黄连木居群基本归为一类。3.基于SSR和ISSR扩增构建相应的Nei’s (1979)遗传距离矩阵,以及UPGMA聚类图。比较SSR和ISSR标记构建的聚类图,两者趋势大致相近,但不完全相同。