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目的：研究异时性肝转移（Heterochrony Hepatic Metastasis，HHM）组与无肝转移（Non-Metastasis，NM）组直肠癌原发肿瘤组织的转录组学差异，鉴定与直肠癌异时性肝转移发生相关的预警基因。方法：分别选取异时性肝转移和无肝转移直肠癌患者6例，共12例，其中10例（HHM组5例和NM组5例）用于测序分析，2例（HHM患者1例，NM患者1例）用于定量验证。采用RNA-seq技术，分别检测两组直肠癌原发肿瘤组织的全转录组表达水平，利用泊松分布数理统计模型筛选两组患者中具有统计学意义的差异表达基因（Differentially Expressed Genes,DEGs）；然后应用生物信息学方法（GO分析和KEGG通路富集分析），进一步筛选出具有生物学意义的DEGs；最后应用qRT-PCR对测序结果进行验证分析，最终确定与直肠癌异时性肝转移可能相关的预警基因。结果：在测序患者肿瘤组织中，RNA-seq共筛选出直肠癌异时性肝转移相关候选基因93个，其中上调基因26个，下调基因67个；生物信息学分析提示，EMT或EMT相关分子事件，细胞迁移、移动和定位等生物进程可能与直肠癌肝转移的发生相关；细胞吞噬体（Phagosome）和黏着斑（Focal adhesion）介导的信号通路以及TGF-β信号通路的改变可能是接到直肠癌肝转移的细胞网络互作事件；结合RNA-seq、GO和KEGG分析显示，SPP1、PDGFB、FSTL3、MME、MMP3、VANGL2、CTNNA2、SMOC1、LEFTY1、SMAD9、REG1A、REG3A、REG1B可能是直肠癌异时性肝转移最具代表性的预警基因，其中REG基因家族在HHM组和NM组直肠癌原发肿瘤组织中的表达水平差异最明显（p值分别为REG1A：3.08×10-5；REG1B：0.00322；REG3A：0.0127），REG1A、REG1B、REG3A在肝转移直肠癌原发灶肿瘤组织中几乎不表达。结论：直肠癌原发灶肿瘤组织中REG基因家族的下调可能是直肠癌异时性肝转移最主要的预警事件之一，REG1A、REG3A、REG1B表达缺失可能是直肠癌异时性肝转移潜在的预测指标。