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应用中心产区典型群内简单随机抽样方法和多种电泳技术检测90头鲁西牛、45头渤海黑牛、60头闽南牛和30头荷斯坦牛21个结构基因座上的变异,引用国内外14个牛群体7个基因座位的相同资料,探讨其遗传分化、亲缘关系和系统地位。研究表明:1.在所检测的21个血液蛋白基因座中,闽南牛有10个座位存在多型,鲁西牛有9个座位存在多型,渤海黑牛9个座位存在多型。鲁西牛、渤海黑牛和闽南牛结构基因座平均杂合度(He)分别为0.1416、0.1767和0.1539,平均多态信息含量(PIC)分别为0.1258、0.1601和0.1406,平均有效等位基因数(MNA)分别为1.3130、1.3977和1.2899。2.四个牛群体总群体近交系数(Fit)为0.601,群体内近交系数(Fis)为0.397,均达到极显著水平(p<0.01),群体间遗传分化较明显,36.3%的遗传变异来源于群体间,而63.7%的遗传变异是由于各群体内个体间的差异引起的。每世代群体间有效迁移个体数(Nem)从0.2002(鲁西牛与荷斯坦牛)到7.7118(鲁西牛与渤海黑牛)不等,这一结果与群体的地理分布事实基本符合。3.以荷斯坦牛为对照组,计算四个群体间标准遗传距离和DA遗传距离,进行NJ和UPGMA聚类。鲁西牛和渤海黑牛亲缘关系较近,首先聚为一类,其次于与闽南牛聚为一类,最后和荷斯坦牛。同时,以上四个牛群体10个多态座位的基因频率为基础,引用国内外14个牛群体7个基因座位的相同资料,构建、合成描述群体间遗传相似性的模糊等价关系矩阵,对18个群体进行亲缘关系聚类,结果表明:鲁西牛群体和渤海黑牛群体的亲缘关系较近。经典聚类和模糊聚类结果吻合。4.搜集国内外14个牛品种资料,运用模式判别揭示鲁西牛、渤海黑牛和闽南牛的血统类别和系统地位。鲁西牛、渤海黑牛和闽南牛群体对于“蒙古利亚”集团的遗传贴近度分别为0.7542、0.7446和0.6160;对于“中间”集团的遗传贴近度分别为0.8568、0.8346和0.7886;对于“南岛”集团的遗传贴近度分别为0.8409、0.8996和0.9305。由此,鲁西牛归属于“中间”集团,渤海黑牛和闽南牛群体归属于“南岛”集团。