粮食综合生产能力是一个国家综合国力的重要组成部分，而保护和提高粮食综合能力对保证粮食安全具有非常重要意义。粮食安全关系到社会的安定和国家的发展，在特殊情况下可能会威胁到国家的安全。党的十八大报告中指出，要加快发展现代农业，切实增强农业综合生产能力，从而确保国家粮食安全和重要农产品有效供给。在影响粮食综合生产能力的众多因素中，农业自然灾害是一个比较特殊的因素，它属于非投入的外部因素，但是其影响确实不可忽视的，农业自然灾害的发生会造成粮食产量的大幅度减少，给粮食综合生产能力造成很大的负面的影响，因此，有必要对其进行研究，探讨应对的措施。本文是在粮食安全的大背景下，介绍了农业自然灾害的类型和特点以及粮食综合生产能力的内涵；在理论层面上分析了农业自然灾害对我国粮食综合生产能力影响机制，并且运用公共物品理论和成本-收益理论对所研究的内容进行了分析；在我国1980-2011年的农业自然灾害和粮食生产相关的时间序列数据以及2011年的横截面数据的支撑下，运用回归分析、灰色关联分析和灾损率评估模型等方法实证分析了农业自然灾害对粮食综合生产能力的影响，测算出了农业自然灾害对粮食产量影响的灾损率，探讨了农业自然灾害对粮食生产各投入要素的影响方式和影响程度；最后根据理论分析和实证分析的结果，提出了相应的政策建议。