中国-东盟自贸区是我国走上全球经济、区域经济一体化舞台的重要开端,经过多年的贸易合作往来,面对不断发展的全球贸易模式,以及知识产权对经济发展的重要性不断攀升,客观上要求对中国-东盟自贸区的知识产权保护体系进行再思考和优化升级。同时,我国在适逢改革开放40周年作出建设海南自贸试验区、自贸港的决定,彰显了我国继续扩大开放和积极参与经济全球化的决心,海南将成为中国-东盟自贸区的重要窗口。本文主要通过研究中国-东盟自贸区背景下的海南自贸港知识产权保护现状,为海南自贸港知识产权保护体系的健全完善提出措施与建议,以营造一个具有知识产权保护公平、法治、高效便利的营商环境。本文采用文献研究法、历史研究法、比较研究法及自贸区、知识产权保护等相关理论分析相结合的方式开展研究,从中国-东盟自贸区当前存在的知识产权领域问题出发,逐步论述建设自贸港区及加强知识产权保护对进出口贸易的促进作用,中国-东盟自贸区及海南自贸港的创设背景、历程及知识产权保护的现状与问题,全球典型自贸区及组织的知识产权保护特色,对优化中国-东盟自贸区及海南自贸港知识产权保护体系进行了有益的理论和经验实证分析。通过研究发现,中国-东盟自贸区应借鉴国际知识产权保护特色经验,不断建立完善知识产权争端解决机制及保护系统。特别对于海南自贸港,更是要在加大知识产权行政协作执法力度、加强对遗传资源及传统知识的保护、建立完善专利审查快捷通道、提高知识产权平台能效及对外合作、树立牢固知识产权人才引进和培养的体系等具体方面着手,形成有效的知识产权保护体系与战略发展目标。对海南创设自贸港、促进区域经济健康发展具有一定的理论和现实意义。